001 云霄飞车杀人事件(黑衣组织 — 琴酒 、伏特加 出场， 工藤新一 喝下 APTX4869变小。大幕拉开，柯南登场 ) 002 董事长千金诱拐事件(阿笠博士 知道其身份， 工藤新一 化名为 江户川柯南 ）013 奇怪的寻亲杀人事件（宫野明美初登场）043 江户川柯南 诱拐事件 (父母知道变小 ) 048 外交官杀人事件（上集）049 外交官杀人事件（下集）(服部平次 登场， 工藤新一 第一次恢复 ) 054 电玩公司杀人事件(龙舌兰 出现，被炸死 ) 057 福尔摩斯迷杀人事件（上集）058 福尔摩斯迷杀人事件（下集）(平次知道身份 ) 128 黑暗组织10 亿抢劫事件（宫野明美死亡，黑衣组织 浮出水面）129 来自 黑暗组织 的女子大学教授杀人事件(灰原哀 出场）130 竞技场无差别胁迫事件(前篇 )(灰原说出了 工藤新一 与组织在半个世纪前就有了关系) 170 黑暗之中的死角（上集）（重要人物新出医生登场）171 黑暗之中的死角（下集）176 与黑暗组织 的再会（灰原篇）(皮斯克 出场 ) 177 与黑暗组织 的再会（柯南篇）（ 宫野志保 第一次恢复）178 与黑暗组织 的再会（解决篇）（ 皮斯克 被 琴酒 灭口， 贝尔摩德 出场）188 性命交关的复活 - 洞窟内的侦探团189 危命的复活 _负伤的名侦探190 危命的复活 _第三种选择（工藤新一 第二次恢复）191 危命的复活 _黑衣骑士192 危命的复活 _新一回来了193 危命的复活 _约定的场所226 格斗游戏的陷阱（上集）（ 朱蒂 出场）227 格斗游戏的陷阱（下集）230 谜一样的乘客（上集）（赤井秀一 出场，形势复杂）231 谜一样的乘客（下集）242 元太 的灾难（提到GIN 是左撇子 ) 258 来自 芝加哥 的男子（上集）（詹姆斯· 布莱克出场）259 来自 芝加哥 的男子（下集）269 犯罪的遗物（上集）（ 毛利小五郎 的卷宗被盗，目标直指柯南）270 犯罪的遗物（下集）271 急忙掩饰的忽略（上集）272 急忙掩饰的忽略（下集）（灰原被怀疑，形势危急）277 英语教师 VS 西部名侦探（上集）（柯南叫博士调查克里斯· 宾亚德）278 英语教师 VS 西部名侦探（下集）279 迷宫的阴暗（上集）280 迷宫的阴暗（下集）286 工藤新一纽约 事件（事件篇）（知道克里斯就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿。）287 工藤新一纽约 事件（推理篇）288 工藤新一纽约 事件（解决篇）（贝尔摩德 扮成杀人魔登场，赤井秀一 对其进行追踪。兰知道赤井秀一...
