001 云霄飞车杀人事件(黑衣组织 — 琴酒 、伏特加 出场， 工藤新一 喝下 APTX4869变小
大幕拉开，柯南登场 ) 002 董事长千金诱拐事件(阿笠博士 知道其身份， 工藤新一 化名为 江户川柯南 ）013 奇怪的寻亲杀人事件（宫野明美初登场）043 江户川柯南 诱拐事件 (父母知道变小 ) 048 外交官杀人事件（上集）049 外交官杀人事件（下集）(服部平次 登场， 工藤新一 第一次恢复 ) 054 电玩公司杀人事件(龙舌兰 出现，被炸死 ) 057 福尔摩斯迷杀人事件（上集）058 福尔摩斯迷杀人事件（下集）(平次知道身份 ) 128 黑暗组织10 亿抢劫事件（宫野明美死亡，黑衣组织 浮出水面）129 来自 黑暗组织 的女子大学教授杀人事件(灰原哀 出场）130 竞技场无差别胁迫事件(前篇 )(灰原说出了 工藤新一 与组织在半个世纪前就有了关系) 170 黑暗之中的死角（上集）（重要人物新出医生登场）171 黑暗之中的死角（下集）176 与黑暗组织 的再会（灰原篇）(皮斯克 出场 ) 177 与黑暗组织 的再会（柯南篇）（ 宫野志保 第一次恢复）178 与黑暗组织 的再会（解决篇）（ 皮斯克 被 琴酒 灭口， 贝尔摩德 出场）188 性命交关的复活 - 洞窟内的侦探团189 危命的复活 _负伤的名侦探190 危命的复活 _第三种选择（工藤新一 第二次恢复）191 危命的复活 _黑衣骑士192 危命的复活 _新一回来了193 危命的复活 _约定的场所226 格斗游戏的陷阱（上集）（ 朱蒂 出场）227 格斗游戏的陷阱（下集）230 谜一样的乘客（上集）（赤井秀一 出场，形势复杂）231 谜一样的乘客（下集）242 元太 的灾难（提到GIN 是左撇子 ) 258 来自 芝加哥 的男子（上集）（詹姆斯· 布莱克出场）259 来自 芝加哥 的男子（下集）269 犯罪
