Olex2讲义-审阅版

单晶的可视化结构解析与精修之 Olex2 软件的使用目录第 1 章 前言1.1 Olex2 简介1.2 关于 Olex2 的安装、引用和更新1.3 Olex2 的图形化界面1.4 文件的建立第 2 章 晶体解析和精修2.1 前言2.2 打开结构2.3 解粗结构2.4 原子指认2.5 各项异性精修2.6 加氢2.7 精修权重2.8 历史记录2.9 结构整理原子重命名排序2.10 其他问题第 3 章 无序处理3.1 无序处理方法3.2 无序类型及实例第 4 章 结构验证及画图4.1 完善 CIF 信息生成 CIF 文件4.2 结构验证4.3 生成图像第 5 章 总论5.1 空间群转换5.2 如何用 olex2 画叠合图5.3 解析的合理性5.4 绝对构型的问题5.5 解析实例第 1 章 Olex2 介绍1.1 Olex2 简介Olex2 是由英国杜伦大学化学系 Dolomanov 教授开发的一款具有解析、精修、画图等多功能的可视化单晶解析软件。软件基于 Python 语言，现在已更新至 1.2.7 版本。Olex2 具有美观的图形界面，可以用鼠标操作，使用方便快捷。而 Shelxtl大多数时候只有一个黑洞洞的屏幕，且需要使用键盘输入命令，略繁琐。Olex2具有方便的数据回滚功能，当进行多次尝试时可以直接回滚，无需手动保存。Olex2 扩展性强，可以方便调用多种解析和精修软件，而且可以直接调用platon。Shelxtl 只能使用自带的 XS 和 XL 软件。Olex2 自带多种实用工具，如 solvent mask 和 twinning 等。 Shelxtl 所带的工具较少，仅有 Xprep。Olex2 是一个免费且不断更新的程序。本教程意在使大家熟悉 Olex2 视图画界面并使用该程序。1.2 关于 Olex2 的安装、引用和更新1.2.1 安装首先需要到 www.olexsys.org 网站（这个网站现在需要注册）上下载 Olex2的最新版本，推荐下载绿色版本，直接解压缩就可以使用，且 32 位系统下载 32位版本，64 位版本下载 64 位版本。然后将压缩包解压，放置在一个没有中文路径名的文件夹里，如 D:\c\olex2-win64 中。不推荐使用其自带的解析和精修软件，你需要将 Shelxtl 软件包中的 xl.exe和 xs.exe（如果使用 Shelxtl2013 需要复制 shelxl.exe 和 shelxs.exe）复制到 Olex2所在文件夹中，如下图 1-1 所示。配置完后就可以使用了。图 1-1如果需要使用 Platon，需要去 Platon 下载 platon.zip 和 pwt.zip，将 platon.zip中的 platon.exe 和 check.def 复制到 Olex2 文件夹中，再将 pwt 安装后的salflibc.dll 复制到 Olex2 文件...