基因家族分析套路

基因家族分析套路(一）近年来,测序价格得下降,导致越来越多得基因组完成了测序,在数据库中形成了大量得可用资源。如何利用这些资源呢？今日我带您认识一下不测序也能发文章得思路--全基因组基因家族成员鉴定与分析(现在这一领域可就是很热奥);一、基本分析内容数据库检索与成员鉴定进化树构建保守 doma ｉ n 与ｍ otif 分析、基因结构分析、转录组或荧光定量表达分析、二、数据库检索与成员鉴定1、数据库检索1)首先了解数据库用法,学会下载您要分析物种得基因组相关数据。一般也就就是下面这些数据库了Ｂ rach ｙ podiumdb：TAIR：Ｒ i ｃｅ Ge ｎ o ｍ e Ａ nnota ｔ ion Project :、Phytozo ｍ e：Ensembl ｅ: Ｎ C Ｂ I 基因组数据库：２)已鉴定得家族成员猎取。 如何获得其她物种已发表某个基因家族得所有成员呢,最简单得就就是下载该物种蛋白序列文件(可以从上述数据库中下载),然后根据文章中得Ｉ D,找到对应成员。对于没有全基因组鉴定得，可以下列数据库中找: a、 NC ＢＩ: n ｕ cl ｅｏ t ｉ d ｅ ａ nd pr ｏｔ ein db、 ｂ、 ＥＢＩ： 、 ｃ、 Un ｉ Pr ｏ t ＫＢ:2、比对工具。一般使用ｂ last 与 h ｍｍ er,具体使用命令如下:Ｌ ocal B Ｌ A Ｓ Tform ａ tdb–i db、fa ｓ–p Ｆ/T；b ｌ ast ａｌ l–ｐ bl ａｓ t ｐ(or ｅｌ se) –i known、ｆ as–d db、fa ｓ–m 8 –b 2(oｒ e ｌ se） e 1e-5 –o a ｌ ignre ｓ ul ｔ、ｔ xt、-ｂ:o ｕ tput two dif ｆｅｒ en ｔ memb ｅ rs in s ｕ bject seque ｎｃ es （d ｂ)、Hm ｍｅ r (ｈ id ｄ en Ma ｒ kov M ｏ del) s ｅ ar ｃ h、 Thesam ｅ as PS Ｉ-BＬ AST ｉ n funct ｉ on、 It h ａｓ a ｈ igh ｅ r sen ｓｉ tivi ｔ y, but the speed islowe ｒ、mand:hmmbui ｌ d－－infor ｍ ataf ａ kn ｏ w ｎ、ｈ mmali ｇ nknow ｎ、f ａ; hmmsea ｒｃｈ known、hmmdb、fas>al ｉ gn、ｏ ut、3、过滤。Id ｅ nti ｔｙ： 至少 50%、Cover r ｅ gion: 也要超过 5 ０%或者蛋白结构域得长度、domain: 必须要有完整得该蛋白家族得。工具 pf ａ mdb （） 与ＮＣＢＩ Ｂ atch C Ｄ－ search、 ()、EST 支持 Ｂ la ｓ t...