1/5大学生实践创新训练计划项目任务书项目名称黏菌代表种的和基因序列的测定项目管理所属院（部）南京师范大学生命科学学院指导老师陈双林单位南京师范大学生命科学学院项目实施时间起始时间：年月完成时间：年月项目类别省级校级重点校级（√）申请人或申请团队姓名年级学校所在院系、专业联系电话主持人阮浩宇级南京师范大学生命科学学院生物科学(国家理科基地)成员陆运恬级南京师范大学生命科学学院生物科学(国家理科基地)2/5实施方案、人员分工及进度一、实施方案（包括项目的训练目标、前期准备、组织实施、过程管理、实践环节、教师指导、项目结题等）①训练项目●在实践中培养自我学习能力、自主创新能力，使理论和实践结合起来；在团队合作中培养较好的团结协作，分工合作的能力；在实验中培养坚持不懈，锐意进取的精神。②前期准备：●查阅资料了解黏菌以及和基因的相关背景知识。●了解学习黏菌基因组提取方法，引物的筛选和设计，扩增体系及系统发育的研究方法。●实验准备：基于相关文献查阅结果，制订相关实验计划，根据实验计划，购买相关试剂药品等。③组织实施●项目实施时间为年月－年月。●项目实施的实验室主要在生命科学学院实验楼北进行，利用目前微生物实验室中拥有项目实施所需的基本仪器。●在导师指导和帮助下，设计具体研究方案。并在此基础上总结出一份完整的实验报告，完成本项目的科研论文④过程管理●在项目进行过程中的所有实验操作遵守南师大生科院实验中心的规章制度。●经费管理：指导老师监督下的项目负责人管理方法，经费使用需用项目负责人签字方可报销。经费使用主要为药品、低值易耗品、仪器配件、分析测试费、实验过程中产生的交通费等。项目进行过程中需要生科院图书馆及其它实验室提供帮助时由导师进行指导和协调。●人员管理：项目实施过程中，如发现因项目实施原因导致项目组成员学习成绩有所下降，课题组将给与一次警告。如不能及时改正，该成员自动退出项目组。同时，项目组将根据具体情况，重新安排项目组成员。●实验进程管理：项目组组内成员每周讨论一次，同时向指导老师汇报工作进展情况，在老师指导下，再进行下一周的工作安排。⑤实施环节●：查阅文献，了解研究的背景资料。从校图书馆数据库中查阅相关的、基因的文献，了解其背景知识，且查阅关于黏菌的系统发育的一些背景资料。●：实验阶段，实验室操作以及后续的数据处理。●对黏菌代表种统计整理。对实验室已有的黏菌代表种汇总、统计、整理和归类。●提取黏菌（改良的方法）■取少量黏菌，去除孢子壁，将孢子置于研钵中（尽量动作轻，因为孢子较少易飞散），加入适量的*提取缓冲液,研磨至无粉末状，有少许气泡产生，将研磨液移入离心管中，加入μ蛋白酶，℃水浴，期间每颠倒混匀。■取出离心管，放置于4℃冰箱。■从冰箱取出离心管，离心。■取上清液于另一离心管，加入等体积的氯仿异戊醇(体积比)，混匀振荡，离心；取上清液转入新的离心管，用氯仿异戊醇重复抽提～次，直至中间界面无白色物质。■转移上清液至新的离心管中，加入等体积冰冷的异丙醇,轻轻颠倒混匀，放入-20℃冰箱中约小时，过夜。■从冰箱中取出离心管，离心，有少量的白色沉淀。用酒精洗淀两次，并转移至的离心管中，自然风干。加入适量的缓冲液，加入μ()其中加入终浓度为μ的，37℃水浴，于℃冰3/5箱中保存。●检测质量电泳检测：取μ在琼脂糖凝胶上进行电泳，拍照，检测分子大小及降解程度。紫外分光光度法检测：紫外分光检测的浓度和产率。●扩增和基因筛选引物：利用文献中的相关引物，进行扩增。自行设计引物：从中查找相关序列，比较，分析，利用软件设计引物，摸索体系进行扩增。●扩增片段的回收纯化：用琼脂糖凝胶电泳检测扩增产物，割胶回收片段。将已纯化的目的片段连接至载体（）上，过夜连接。将连接液与感受态细胞结合，化化，37℃过夜培养，蓝白斑筛选出阳性克隆，送去测序。数均选用默认值，将所得序列在网页（）上进行在线比对分析（），找到与其最相似的已知序列。用软件对目的序列进行系统发育分析，用邻位连接法(，)和最大简约法(，)构建系统发育树，和系统发育树的评估用检验...
