在身穿一身黄色西装的大木博士的解说中，游戏开始了序幕 一堆讲解后，是选择人物性别、名字等。这里无需多言。 下楼后，妈妈给了主角菜单栏的部分功能（这次菜单栏是下屏幕触摸式的，相比DP更进化一步） 出门后遇到个小水鼠，发生了剧情。 往左的房间，来到空木博士研究所，发生剧情，老样子，菊草叶、火球鼠、小鳄鱼三选一 这代可以把PM带在身后了（~\(≧▽≦)/~小鳄鱼好可爱） 离开研究所时，助手给了主角一个伤药 出门后，看见男主角带着小水鼠再次发生剧情 然后回家找妈妈拿手机，村口博士找主角发生剧情 往左边的29号道路前进，草地的变化非常大 来到吉野市，门口的地图爷爷带主角参观城镇后，给了主角跑步鞋，触摸屏点一下跑步鞋就能跑步了 往上方 30号道路走时，地图爷爷会赶来给你地图 沿着 30号路会遇到树果名人，给了主角树果 30号道路有了分叉，左边有人堵着过不去，只能从右边分叉走 往上遇到大木博士，得到精灵图鉴 出门空木博士打电话过来，说有急事叫主角赶回若叶镇 回若叶镇时经过吉野市，遇到神秘红发少年，二话不说，开战 他用的是克制你的初始PM，但由于等级优势，轻松虐杀之 回到空木博士研究所，发生剧情，给红发少年起名字之类的 再次出若叶镇，男主角会展示 PM捕捉技巧，并给了主角精灵球 再次往30号道路前进，堵路的同学已经离开。这时要开始和各种训练员战斗了。 部分训练员会问主角要不要登记电话。登记的话，以后会找你 PK或者给主角一些游戏情报。 一路来到桔梗市，男主角会送战斗记录器。 往上走，就是喇叭芽塔。里面有许多和尚会找主角打，用的基本是喇叭芽 顶层遇到红发少年，发生剧情后和和尚长老战斗，胜利后得到TM70闪光。 然后就可以去 GYM战斗了。里面的PM都是飞行系（也就波波为主） 馆主 隼人 LV9 波波 LV13 比比鸟 胜利后得到徽章以及盘老大秘奥义羽休 出GYM，空木博士打电话，叫主角去商店拿东西。进商店，得到一个蛋（波可比） 往下方的32号道路前进。一路上训练师不少，注意安全。 山洞通路前有医院，可以回复。 山洞通路没什么可说，没有弯路。 出了山洞通路，路过呆呆兽之井时，看到火箭队在欺负市民。暂时先不管 来到桧皮镇，医院左上的钢铁先生家中发生剧情 再去呆呆兽之井，看到钢铁先生躺翻在地 进去解决火箭队，钢铁先生会来感谢主角，并帮主角做精灵球 然后可以挑战 GYM。里面的PM以虫系为主。 GYM里变化很大，踩上蜘蛛只要有绳子就会往绳子上...
