药用亲缘学论纲近年随着高通量测序技术的迅猛进展，生物系统发育讨论中开始采纳基因组数据，因此出现一些新术语，如系统发育基因组学（phylogenomics，基因组系统学/基因组亲缘学）[8]，pharmacophylogenomics[9]，转录组亲缘学（phylotranscriptomics）[10]等。系统发育基因组学是进化和基因组学的交叉学科，是将基因组数据用于进化关系重建的综合分析;药用亲缘学讨论药用生物（特别是药用植物）的生物亲缘关系，化学成分和疗效（传统疗效和药理活性）间的相关性;系统发育基因组学方法可用于药物发现和开发的相关问题讨论，在组学水平拓展了药用亲缘学的领域（图 1）。系统学（亲缘学）是生命科学各分支和交叉学科的根基所在，在中药资源学、中药和质量评价、中药药性、中药毒理和民族药等中药学相关领域起到提纲挈领的作用。提出药用基因组亲缘学新概念，是因应学科交融的大势所趋，期望在中医药理论指导下，运用多学科新理念、新方法和创新的技术手段进行跨学科综合讨论，推动中药资源学科理论建构和实践应用，更好地服务于中医药现代化事业。图 1 可用于药用亲缘学亲缘关系推断的组学数据Fig.1Omicsdatathatcouldbeusedinthepharmacophylogenyinference1 系统发育基因组学系统发育基因组学是生物进化和基因组学的交叉学科，是将基因组数据用于进化关系重建的综合分析，因此需要系统发育讨论方法和基因组学技术的紧密配合。系统发育讨论是比较分析单个基因或少数几个基因序列[11-12]，也常结合其他类型数据，例如形态学、细胞学和植物化学[13-14]数据。系统发育基因组学基于全基因组测序时代之前的分子系统学讨论，通过比较全基因组序列或至少大部分基因组序列来全面猎取对进化关系重建有用的信息[15]。目前该领域讨论包括以下几方面。1.1 基因功能预测和进化推演现存植物已鉴明的 307700 种，估测上限45 万种，提示植物多样性的潜在空间巨大。在进化史上均经历多次全基因组倍增（WGD），倍增基因拷贝在基因组中通常以保守的同线块（syntenicblock）形式存在。在植物进化过程中，基因组大小变化是一种相对频繁的事件，这些变化一般并不与基因多少及顺序变化相关联。基因数量及顺序的保守性称为同线性。基因组倍增显著影响新性状起源（图2），近年来植物次生代谢路径多样化与 WGD 有关的例子越来越多。倍增基因拷贝可以解释萜类和硫代葡糖苷[16]等多基因路径合成的次生代谢产物的多样化过程。次生代谢基因的串联倍增及随后发生的亚功能...
