SNP 开发/验证得讨论方法与技术路线1 分子标记：分子标记,我想这部分就是我们分子标记组最核心得任务.现在，我们没有任何可用得标记检测我们得定位材料。即使想要验证已经定位得 QTL ｓ，我们也需要相对应得区间内得分子标记,尤其就是 SNP 标记.1、１ 全基因组ＳＮＰ—Af ｆ ymetrix 芯片：一套完整得全基因组得 SN Ｐ芯片，相对于Ｄｏ ugl ａ s 体系，其操作简单，高通量.可以直接对定位群体进行初定位得扫描或就是对育种材料得背景进行分析.在国家玉米改良中心,有一套 3k 得 Illu ｍｉ n ａ芯片,就就是用来对玉米材料进行高通量检测，基因型检测结果通常可以用来 Q Ｔ L ｓ初定位，育种材料得群体划分与纯度鉴定以及低密度得关联分析等.在此，我建议我们应该开发一套番茄基因型检测得芯片。目前，只就是查找到Ｉ llu ｍ ina 芯片有一套全基因 S ＮＰ信息,包含 7，720条探针。而 Af ｆ y ｍ etrix 公司目前并没有相应得产品。但就是通过跟 Affymｅ trix 公司了解,可以利用 Illumin ａ芯片已有得结果进行开发。番茄目前测序结果显示其全基因组大小为～760M ｂ,而玉米为~2,50 ０Mb，但就是她们包括得基因数目～30,00 ０个，整体情况相近.另外,番茄作为自交植物,其 LD 得衰减值应该更大，有效得历史重组会更少,遗传多样性低。因此，综合考虑,我建议我们可以开发~3k 芯片,应该可以满足大多数讨论材料、育种材料得基因型检测需求。虽然目前下一代测序技术蓬勃进展，但就是对于用于基因型检测来讲，其数据分析与成本相对于芯片都要更复杂与更高。总之，我们番茄处于刚刚进展阶段，我认为就基因型检测方面,芯片有其很高得应用价值.即使像玉米，这样测序技术进展很多年得材料，芯片技术也在应用。1、２全基因组 SNP-Doug ｌ as：当用 Aff ｙ met ｒ ix 芯片检测鉴定完番茄基因型并完成基因型分析之后，１）对于优良得 QTL ｓ或就是基因，我们可以直接选择覆盖整个区间得分子标记运行 Dou ｇ l ａ s 系统进行分子标记辅助育种，2）对于需要进一步验证得QT Ｌ s，我们也可以利用 D ｏ ug ｌａ s 系统只检测材料覆盖定位区间得基因型,而不需要再一次利用 Affymet ｒ ix 芯片或就是其她方法进行全基因检测（图1、1）。３)对于一些高信息量,均匀分布在全基因得ＳＮＰ分子标记,可以用来构建番茄得指纹图谱。因此，一套完整能够与 Af ｆｙ me ｔ ri ｘ芯片相对应得ＳＮ P...
