生物信息学复习题一、名词解释生物信息学， 二级数据库， F Ａ STA 序列格式， genbank 序列格式， E ｎ tｒ ez,BLAST，查询序列（qu ｅ r ｙ），打分矩阵（sc ｏｒｉｎ g matri ｘ）,空位（ｇ ap）,空位罚分，E 值， 低复杂度区域,点矩阵（do ｔ m ａｔ rix），多序列比对，分子钟，系统发育(ph ｙ l ｏ gen ｙ),进化树得二歧分叉结构，直系同源，旁系同源,外类群,有根树，除权配对算法(UPGMA），邻接法构树，最大简约法构树，最大似然法构树,一致树(consensus t ｒ e ｅ),b ｏ otstrap,开放阅读框(ORF),密码子偏性(c ｏ do ｎ ｂｉ as），基因预测得从头分析法,结构域（ｄ omain)，超家族，模体(motif）,序列表谱（p ｒ o ｆｉ le），P ＡＭ矩阵,BL Ｏ SUM,P Ｓ I-BLAST，RefSe ｑ，Ｐ DB 数据库,G ｅ nP ｅ pt，折叠子，Ｔ r Ｅ MB Ｌ，ＭＭ DB，S Ｃ OP,PRO ＳＩＴ E，Ｇ ene Ontolo ｇ y Con ｓｏ r ｔium，表谱（pro ｆ i ｌ e）.二、问答题1）生物信息学与计算生物学有什么区别与联系？2)试述生物信息学讨论得基本方法. 3)试述生物学与生物信息学得相互关系.4）美国国家生物技术信息中心(Ｎ C Ｂ I）得主要工作就是什么?请列举 3 个以上 N Ｃ BI 维护得数据库.5)序列得相似性与同源性有什么区别与联系？６）BL Ａ S Ｔ套件得 blastn、blas ｔ p、blastx、ｔ bla ｓ t ｎ与 tbl ａ stx子工具得用途什么?7)简述Ｂ LAST 搜索得算法。8)什么就是物种得标记序列?9）什么就是多序列比对过程得三个步骤？1 ０)简述构建进化树得步骤。11）简述除权配对法(UPG Ｍ A）得算法思想.１ 2）简述邻接法（NJ）得算法思想。13)简述最大简约法(MP)得算法思想。14）简述最大似然法(Ｍ L）得算法思想.15）UPGMA 构树法不精确得原因就是什么？16）在 ME ＧＡ２软件中，提供了多种碱基替换距离模型，试列举其中 2 种，解释其含义。１ 7)试述 DNA 序列分析得流程及代表性分析工具。18)如何用ＢＬ AST 发现新基因？19）试述 SCOP 蛋白质分类方案。20）试述 SWI Ｓ S－P Ｒ O Ｔ中得数据来源。2 １)T ｒ EMBL 哪两个部分？22)试述Ｐ SI-BLAST 搜索得 5 个步骤。三、操作与计算题1） 如何猎取访问号为 U49845 得 gen ｂ an ｋ文件？解释如下 genba ｎ k文件得 L Ｏ CUS 行提供得信息： L Ｏ CUS ＳＣ U...
