新型分子标记新型分子标记•RGAsRGAs标记标记•RMAPDRMAPD标记标记•SRAPSRAP标记标记•TRAPTRAP标记标记1.RGAs1.RGAs标记标记(ResistanceGeneAnalogs,(ResistanceGeneAnalogs,抗抗病基因类似物病基因类似物))RGAs是用基于抗病基因保守序列设计的引物扩增基因组得到的抗病基因类似序列的新型的分子标记。2.RMAPD2.RMAPD标记（标记（randommicrosatelliteamplifyrandommicrosatelliteamplifypolymorphicDNA,polymorphicDNA,随机微卫星扩增多肽）随机微卫星扩增多肽）利用RAPD引物和微卫星上游或下游引物结合,对基因组DNA进行扩增,探索更有效的揭示所有微卫星及其他DNA遗传多态性的方法,以期获得研究DNA多态性的新的分子标记方法。3.SRAP3.SRAP标记（标记（SequenceRelatedAmplifiedSequenceRelatedAmplifiedPolymorphism,Polymorphism,相关序列扩增多态性）相关序列扩增多态性）RAP标记是基于PCR技术的新型分子标记技术,其原理是利用基因外显子里G、C含量丰富,而启动子和内含子里A、T含量丰富的特点设计两套引物,对开放阅读框架进行扩增。4.TRAP4.TRAP标记（标记（TargetRegionAmplifiedTargetRegionAmplifiedPolymorphism,Polymorphism,靶位区域扩增多态性）靶位区域扩增多态性）TRAP是从SRAP技术改进而来的新型分子标记技术,其原理是借助大规模测序技术产生的庞大生物序列信息,利用生物信息学工具和表达序列标签数据库信息设计引物,对目标候选基因序列区进行PCR扩增产生多态性标记。SRAPSRAP分子标记技术介绍分子标记技术介绍1.1.基本原理基本原理2.2.引物设计与选择引物设计与选择3.DNA3.DNA扩增与电泳扩增与电泳•原理原理通过长17bp的正向引物和长18bp的反向引物分别对外显子和内含子及启动子进行扩增，因内含子、启动子和间隔序列在不同物种甚至不同个体间变异很大,从而与正向引物搭配扩增出基于内含子和外显子的SRAP多态性标记。•引物的设计引物的设计1.SRAP1.SRAP引物是基于外显子富含引物是基于外显子富含GCGC而内含子和启动而内含子和启动子富含子富含ATAT的特点来设计的。的特点来设计的。2.2.最适引物长度大小在最适引物长度大小在17—18bp17—18bp。。•SRAPSRAP扩增反应体系扩增反应体系模板：基因组模板：基因组DNADNA或或cDNAcDNA引物引物0.30.3μmol/LdNTPs0.2mmol/LMgCl21.5mmol/LTaq酶1U总含量20—25μL•SRAPSRAP扩增条件扩增条件94℃预变性5min94℃变性1min——35℃复性1min——72℃延伸1.5min5个循环94℃变性1min——50℃复性1min——72℃延伸1.5min35个循环72℃延伸7min-4℃保存
