计算机辅助合成设计系统CISOC-RetroSyn用户手册计算机辅助合成设计系统（CISOC-RetroSyn）是一个用于辅助化合物合成路线设计的软件。该系统利用反应知识，对用户提供的化合物进行分析，最终为用户提供用于合成该化合物的一组可能的合成路线，这为用户进行新化合物的合成设计提供了有效的辅助工具。目录一、CISOC-RetroSyn系统简介二、快速入门II.1CISOC-RetroSyn界面介绍II.2主菜单和工具栏介绍II.3使用步骤详解三、使用实例四、系统配置与系统安装Ⅳ.1CISOC-RetroSyn的运行环境Ⅳ.2CISOC-RetroSyn的安装中国科学院上海有机化学研究所二○○四年六月上海ShanghaiInstituteofOrganicChemistry(SIOC)ChineseAcademyofSciencesShanghai,P.R.ChinaCopyrightbySIOC.Allrightsreserved.Useofcopyrightnoticedoesnotimplypublicationordisclosure.Noportionofthissoftwaremaybereproduced,transmitted,transcribed,storedinacomputersystem,ortranslatedintoanycomputerlanguage,inanyformorbyanymeans,electronic,magnetic,optical,chemical,manual,orotherwiseexceptaspermittedinwritingbyShanghaiInstituteofOrganicChemistry.ShanghaiInstituteofOrganicChemistryreservestherighttousethetechnologyembodiedinthisprogram,inpartorinwhole.TheinformationcontainedhereinconsistsvaluableresearchsecretsofSIOC.OneisnotpermittedtodiscloseorallowtobedisclosedsuchinformationexceptaspermittedinwritingbyShanghaiInstituteofOrganicChemistry.CISOC-RetroSynVersion1.0June2004版权所有，翻印必究！23一、CISOC-RetroSyn系统简介CISOC-RetroSyn是一个用于化合物合成路线设计的计算机辅助设计系统。传统的化合物合成设计通常是化学工作者根据丰富的经验和灵感来完成的工作。随着计算机科学和技术的发展，计算机在化学领域中得到越来越广泛的应用。从最初的简单数据处理，逐步发展到对化学结构的处理，以及目前的对化学信息的综合分析、知识获取和应用。其中化学数据库对化学工作者有着非常重要的作用和意义。通常，反应数据库是化学家获取化合物合成信息的有效途径，但这远远不能满足化学研究者、药物设计、材料设计和农药设计者等，或者说与化合物合成有关领域的研究人员的需求，因为，数据库中只存储已合成或发表的化合物的合成信息，并不包含新化合物的合成信息。为此，他们通常是凭经验和知觉来合成一个新化合物，这样做一般都会花费很多人力和经费。计算机辅助合成设计系统是由反应知识库和反合成分析两部分组成。首先它对用户提供的化合物结构进行分析，以确定该化合物的反应谋略键；再利用反应知识库中的反应知识和反应规则分析，以确定该化合物的前体。循环进行这二步操作，以最终获得起始反应原料为止。通过对这个循环过程路线的记录，便可得到一组可参考的该化合物合成路线的信息，这些信息辅助化学工作者的合成设计工作，以提高他们工作效率，并降低各个方面的消耗。本系统使用简单，用户界面友好。用户通过界面输入提问结构的文件名，系统将根据用户的输入信息，读入提问结构，并对其进行分析和相关处理，最终将获得该化合物的合成路线信息，并保存在指定文件中。这些信息将对化学工作者完成合成设计工作起一定的辅助作用。二、CISOC-RetroSyn快速入门II.1CISOC-RetroSyn界面介绍图一是CISOC-RetroSyn系统界面，其中包括主菜单栏和对应工具栏。使用者可通过选择主菜单及其子菜单或工具栏中的图标，来辅助完成对提问化合物的合成设计工作。图一、CISOC-RetroSyn界面II.2主菜单和工具栏介绍本系统的主菜单和工具栏如图二所示。图二、CISOC-RetroSyn的主菜单和工具栏示意图本系统的主菜单为File、Select、Matching、Splitting、SynTree和Help。File的子菜单有：Open、Save和Exit；Select的子菜单有：Auto_Layer和Matching_Base；Auto_Layer子菜单包括弹出式菜单：One_Layer、Three_Layer、Five_Layer和Seven_Layer；Matching_Base子菜单包括弹出式菜单：CR_Base、MCS_Base和RT_Base；Matching的子菜单有：Pre_Treat、Match、PiPei、Auto_RetroSyn、Next和Prev；Splittin...
