DeltaEpisode一、序幕通关后打开游戏和往常不同，画面出现在绿岭市宇宙中心警报响起，流星群轨道突然改变了方向，要撞上我们的星球将撞击在琉璃市西南部131号水道上的一个小岛画面转到另一个地方（天空之柱），Zinnia脱掉了火岩队队服她说剩下的时间只剩几天了因为那个孩子阻止了一只超古代PM复活成原有的样子，所以事态变得不太好但我有一个新计划如果我调整一下由大量Key石组成“那个东西”…………（那个东西指的应该是让裂空坐Mega进化的石头）然后望向天空，“我发誓我会保护你的”章节正式开始二、与Zinnia的初次见面画面回到主角家里，下楼看到父母爸爸说主角变强壮了，赠送给了主角两张票这两张是绿岭市宇宙中心的星空展的入场券，爸爸没办法陪妈妈去了所以让主角邀请CP一起去，之后便离开回道馆去了这时候电视上开始演有关星空秀的节目，结束后妈妈怀念了一下11年前和爸爸一起去的时候一出门就看到Zinnia在门外，她自我介绍了之后说这里是个好地方之类比较奇怪的话后就离开了进CP的家，CP说有个奇怪的女人从她房间窗户进入她房间，拿走了她的Key石，CP的队伍打不过她，然后她听到那个女人在走之前口中碎碎念“下一站橙华市”，让主角小心去研究所找博士，博士将主角的图鉴升级为了全国图鉴前往橙华市吧三、橙华市的纷争在小光的家门口看到篝火想要抢走小光的Key石上前阻止，触发战斗火岩队干事篝火喷火驼lv53胜利后她说“流星瀑布，老大的Key石”之类的话就走了，小光说他的Key石也消失不见了，让主角小心接着领航员收到了大吾的通讯，说他需要主角前往卡那兹市的得文公司，他有些话要亲自和主角说那么前往卡那兹市吧四、社长的委托来到得文公司门前，上前和大吾对话，说有坏消息，然后将主角带进公司找社长社长说有很沉重的话题，问主角是否要听（当然要）接着社长开始说故事（BGM是AZ的变奏版，好好听！）（其实就是AZ的故事）3000年前，在离这里很远的地方有一场大战那场大战因为一个人制造的武器而终结而究竟是什么样的能源能够给这死亡武器以能量？你知道吗？你看，它是建立在PM的生命上的从那么多PM的牺牲中获得的能量，必然会受人们谴责但我的祖父，前任得文公司社长说过“难道我们就不能利用这能量去改善人类的PM的生活吗？”所以他创造了得文公司最伟大的发明：无尽能源（InfinityEnergy）正因为无尽能源，得文公司才成为了丰缘地区最强的公司之一你曾经帮我们夺回的包裹就是利用无尽能源让潜水艇发动的马达不久后我们将会努力尝试更多人类的发展接下来我们将开始探索宇宙绿岭市宇宙中心的火箭就是用我们的无尽能源，这是我们梦想、情感和技术的结晶但我们从没想过它们会成为拯救世界最大的希望我的前言就到这么多，接下来是正事现在有一个巨大的灾难在接近我们一块直径超过6英里，巨大的小行星正在即将撞击我们星球的轨道上我们正和绿岭市宇宙中心合作，首先要意识到这个危机我们正在计划对策，用我们的火箭，但是为了让这个计划实现，我们需要一块陨石碎片大吾打断说所以社长就是要主角去寻找碎片？社长说希望主角去武斗镇附近的石之洞窟，去寻找陨石碎片，然后让大吾去宇宙中心做准备，用他给的LinkCable那么前往武斗镇吧五、石之洞窟寻找陨石碎片在石之洞窟可以捡到TM65阴影爪和大钢蛇Mega石在石之洞窟那个有壁画的房间，看到Zinnia在看着壁画“这个表示原始进化，那个表示Mega进化，我们的祖先也曾住在这里，我的祖先曾告诉我如何保护世界，只要被预言就可以避免来自宇宙的威胁，从一个比天堂还高的地方”然后发现主角，触发战斗Zinnia怪颚龙（gen6霸王龙）lv55七夕青鸟lv55暴蝾螈lv57胜利后她将陨石碎片交给了主角，主角背包里的陨石再次发出光芒并发生变化，离开前她问主角现在在做的事是不是符合主角坚持的理想，还是基于现实接着收到大吾的通信，说如果找到了陨石碎片就赶快赶到绿岭市宇宙中心，时间不够了那么前往绿岭市吧六、流星瀑布寻找陨石碎片到达绿岭市宇宙中心，上楼看到大吾和索南斯博士（研究陨石），将陨石碎片交给他们后开始实行计划（说了一堆技术性的话）他们说还需要一块陨石碎片，这时候Zinnia出现了，她说这样利用能量会重蹈3000年前...
