基因树和物种树的关系及建树方法VIP免费

基因树和物种树的关系及建树方法 一 .基因树和物种树 1 . 概念 2 . 二者关系 二 构建基因树或分子树 1. 同源 DNA 排序问题 2. 分子生物学数据类型(2 种类型) 3. 数据转换 4. 建树方法(主要介绍四种方法) 非加权组平均法(UPGMA 法) 邻接法(NJ 法) 最大简约法(MP 法) 最大似然法(ML 法) 5. 几种建树方法的比较 一 基因树和物种树 gene tree 分子树(molecular tree)： 依据分子数据构建的反映分子系统发育的树 物种树(species tree)： 反映物种实际种系发生的树 系统发育（Phylogeny）：是指一群有机体发生或进化的历史. 系统发育树(Phylogenetic tree): 就是描述这一群有机体发生或进化顺序的拓朴结构。根据系统发育树的具体表达形式,可分为 基因树(Gene tree): 当一个分子系统树是根据某一个基因数据构建而来的,称为基因树. 物种树(Species tree): 是指代表一组物种进化过程的系统树. 基因树与物种树的关系 分子系统学的目的,就是通过分子树来推测物种树. 在许多情况下这两者是一致的 但是下列一些因素可能会造成分子树与物种树相偏离. A． 遗传渗漏 即 DNA 跨越物种界限的转移. 如果在构建分子树是采用的是从其它物种水平转移而来的DNA 序列,其结果与物种树大相径庭. B ．祖先多态性 例如 a,b 两物种的共同祖先c 在某个位点c 是多态的(c1,c2), 在进化的过程中c1 演化成a1 和b1;c2 演化成a2 和b2,若依据a1 和b1,则推测的祖先为c1,如依据的祖先为a2 和b2,侧推测的祖先为c2,这样a,b 具有两个祖种,显然不符.原因在于基因的进化早于物种的分化. 为避免上述因素的影响,在分子系统研究中应尽可能分析互不连续的基因位点。 mtDNA 在基因进化中是整个转移的 ,所以即使分析多个线立体基因,亦不能排除影响. 基因树与物种树存在两方面的区别: (1)对于某一被研究的基因,可能存在种内多态性,即在物种分化之前,该基因可能已经开始分化。所以两物种间该基因的分化时间可能早于这两个物种的分化的时间。由这一基因计算而来的分支长度(分歧时间)可能偏离. (2) 基因树的分支情况(拓扑结构)可能不同于物种树。 这种情况一般发生在分支点非常接近的物种间。例如 人 猩猩和黑猩猩间的关系。通过增加 D N A 序列的长度并测定多个相互独立的基因片段,一般可以避免这种问题的发生。 由于物种的进化历史不可能再现,所以不可能重建绝对完整的历史,同样也不可能获取绝对的物种树...