常用生物信息学软件 一、基因芯片 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便 protocol 的管理功能强大，商业版正式版：6900 美元。 Arraypro 4.0 Media Cybernetics 公司的产品，该公司的 gelpro, imagepro 一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro 也不会差。 phoretix™ Array Nonlinear Dynamics 公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威 Bergen 大学编写，是一个用JAVA 语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。 2、 基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze 2.44 ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、 基因芯片数据分析软件 Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster）分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL 软件的插件，由 Stanford 大学编制。 4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示 Cluster 软件分析的图形化结果。现已和 Cluster 成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于 JAVA 语言的系统树生成软件，接收 Cluster 生成的数据，比 Treeview增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer 2.00 DNA 微矩阵（microarray）软件，批量设计 DNA 和寡核苷酸引物工具 三、序列综合分析 Vector NTI Suite 8.0 不喜欢装备各种专业性强的软件，而希望用一个综合性的软件代替的同志可以选择本软件。本阶段的大部分功能它都有。该软件具体特有良好的数据库管理（增加、修改、查找），对要操作的数据放在一个界面相同的数据库中统一管理。软件中的大部分分析可以通过在数据库中进行选定（数据）->分析->结果（显示、保存和入库）三步完成。在分析主界面，软件可以对核酸蛋白分子进行限制酶分析、结构域查找等多种分析和操作，生成重组分子策略和实验方法，进行限制酶片段的虚拟电泳，新建输入各种格式的分子数据、加以注释，输出高质量的图像。Vector NTI Suite 还有以下独立的分析程序，完成相关分析。这些独立的程序...
