LAMMPS 手册-中文解析 一、 简介 本部分大至介绍了 LAMMPS 的一些功能和缺陷。 1． 什么是 LAMMPS? LAMMPS 是一个经典的分子动力学代码，他可以模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综。他可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物，金属，粒状和粗料化体系。LAMMPS 可以计算的体系小至几个粒子，大到上百万甚至是上亿个粒子。 LAMMPS 可以在单个处理器的台式机和笔记本本上运行且有较高的计算效率，但是它是专门为并行计算机设计的。他可以在任何一个按装了 C++编译器和 MPI 的平台上运算，这其中当然包括分布式和共享式并行机和Beow ulf 型的集群机。 LAMMPS 是一可以修改和扩展的计算程序，比如，可以加上一些新的力场，原子模型，边界条件和诊断功能等。 通常意义上来讲，LAMMPS 是根据不同的边界条件和初始条件对通过短程和长程力相互作用的分子，原子和宏观粒子集合对它们的牛顿 运动方 程进 行积 分。高效率计算的LAMMPS 通过采用相邻 清 单来跟 踪 他们邻 近 的粒子。这些清 单是根据粒子间 的短程互拆力的大小进 行优 化过的，目 的是防 止 局 部粒子密 度 过高。在并行机上，LAMMPS 采用的是空 间 分解技 术 来分配 模拟的区 域 ，把 整 个模拟空 间 分成 较小的三 维 小空 间 ，其中每 一个小空 间 可以分配 在一个处理器上。各 个处理器之 间 相互通信 并且存 储 每 一个小空 间 边界上的” ghost” 原子的信 息 。LAMMPS(并行情 况 )在模拟 3 维 矩 行盒 子并且具 有近 均 一密度 的体系时 效率最 高。 2． LAMMPS 的功能 总 体功能： 可以串 行和并行计算 分布式 MPI 策 略 模拟空 间 的分解并行机制 开 源 高移 植 性 C++语 言 编写 MPI 和单处理器串 行 FFT 的可选 性 （ 自 定 义） 可以方 便 的为之 扩展上新特 征 和功能 只 需 一个输 入 脚 本就 可运行 有定 义和使 用变 量 和方 程完 备 语 法 规 则 在运行过程中循 环 的控 制 都 有严 格 的规 则 只 要 一个输 入 脚 本试 就 可以同时 实 现 一个或 多 个模拟任务 粒子和模拟的类 型： （atom style 命令） 原子 粗粒化粒子 全原子聚合物，有机分子，蛋白质，DNA 联合原子聚合物或有机分子 金属 粒子材料 粗粒化介观模型 延伸球形与椭圆形粒子 点偶极粒子 刚性粒...
