如何用MS建模

如何用MS 建模 陶小马 在第一原理计算中有个POSCAR 文件，那里面有晶体结构的一些信息，主要包括基矢以及原子的位子，那么一般来说简单的BCC、FCC、HCP 以及Diamond 结构都比较简单，可以直接输入就可以了，但是一般涉及比较复杂的结构如D019、D022 等结构则可以用MS modeling 来建模。在建立模型之前，我们要找到该化合物的结构方面的信息，这个主要可以通过 Pearson 手册来找寻，也可以用ICSD 软件找。在有了结构方面的信息后，我们就可以利用MS Modeling 来进行建模。 首先打开 MS Modeling 软件： 建立一个新的文件名 example 点击 File 出来一个菜单，点击 New …后出现以下画面 双击第一个3D Atomistic,出现以下界面 这时你可以把鼠标指在3D Atomistic 上 点击右键进行重新命名。后缀名为.x sd 就可以了。 下边就点击Bu ild—>Cry stals—>Bu ild Cry stal…出现以下界面 在 Enter Grou p： 中输入晶体结构的空间群的数字；点击Lattice Parameters 中输入晶格常数后点击下面的 Bu ild： 例如我们要建立 AlFe3 的结构，它的结构信息如下： 也就是在 Enter Grou p 中输入 225，在 Lattice Parameters 中输入 5.789 A 就可以了，点击Bu ild得到以下界面： 现在就是加原子了，点击Build，下拉框中有Add Atoms，另外界面上也有就是一个原子左上角有个+号的就是。点击Add Atoms，可以看见以下的界面 在Element 中输入原子符号，右边的a，b，c 就对应于上面我们找到的晶体结构信息中的x，y，z。也即，在Element 中输入 Al 时，a，b，c 中输入 0 0 0，点击Add，再在Element 中输入 Fe，在a，b，c 中输入 0.5 0.5 0.5 点击Add，还是Element 为 Fe，a，b，c 中输入 0.25 0.25 0.25.点击Add。这样就把AlFe3 的所有的信息输入进去了。可以关闭Add Atoms 的对话框。得到以下界面： 下面点击Modu les—>CASTEP—>Calcu lation 出现以下对话框： 在对话框中的最下面有三个按钮，中间那个主要是可以把原子的一些位子信息存下来的，所以点击Files…，以后会出现一个对话框，点击Sav e Files 就可以了。如果你所建立的晶体结构不是原胞的话，会出现一个选项让你选择，一般来说y es 是保存最小的原胞的基矢和原子位子，而No 呢就是当前的晶胞的基矢和原子位子。 下面就是去看看，保存下来的晶体结构的一些信息的文件。在MS 的文件夹中找到ex ample...