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如何用MS建模

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如何用MS 建模 陶小马 在第一原理计算中有个POSCAR 文件,那里面有晶体结构的一些信息,主要包括基矢以及原子的位子,那么一般来说简单的BCC、FCC、HCP 以及Diamond 结构都比较简单,可以直接输入就可以了,但是一般涉及比较复杂的结构如D019、D022 等结构则可以用MS modeling 来建模。在建立模型之前,我们要找到该化合物的结构方面的信息,这个主要可以通过 Pearson 手册来找寻,也可以用ICSD 软件找。在有了结构方面的信息后,我们就可以利用MS Modeling 来进行建模。 首先打开 MS Modeling 软件: 建立一个新的文件名 example 点击 File 出来一个菜单,点击 New …后出现以下画面 双击第一个3D Atomistic,出现以下界面 这时你可以把鼠标指在3D Atomistic 上 点击右键进行重新命名。后缀名为.x sd 就可以了。 下边就点击Bu ild—>Cry stals—>Bu ild Cry stal…出现以下界面 在 Enter Grou p: 中输入晶体结构的空间群的数字;点击Lattice Parameters 中输入晶格常数后点击下面的 Bu ild: 例如我们要建立 AlFe3 的结构,它的结构信息如下: 也就是在 Enter Grou p 中输入 225,在 Lattice Parameters 中输入 5.789 A 就可以了,点击Bu ild得到以下界面: 现在就是加原子了,点击Build,下拉框中有Add Atoms,另外界面上也有就是一个原子左上角有个+号的就是。点击Add Atoms,可以看见以下的界面 在Element 中输入原子符号,右边的a,b,c 就对应于上面我们找到的晶体结构信息中的x,y,z。也即,在Element 中输入 Al 时,a,b,c 中输入 0 0 0,点击Add,再在Element 中输入 Fe,在a,b,c 中输入 0.5 0.5 0.5 点击Add,还是Element 为 Fe,a,b,c 中输入 0.25 0.25 0.25.点击Add。这样就把AlFe3 的所有的信息输入进去了。可以关闭Add Atoms 的对话框。得到以下界面: 下面点击Modu les—>CASTEP—>Calcu lation 出现以下对话框: 在对话框中的最下面有三个按钮,中间那个主要是可以把原子的一些位子信息存下来的,所以点击Files…,以后会出现一个对话框,点击Sav e Files 就可以了。如果你所建立的晶体结构不是原胞的话,会出现一个选项让你选择,一般来说y es 是保存最小的原胞的基矢和原子位子,而No 呢就是当前的晶胞的基矢和原子位子。 下面就是去看看,保存下来的晶体结构的一些信息的文件。在MS 的文件夹中找到ex ample...

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