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ClustalX Help 可以在下列地址得到 ClustalX 的最新版本: ftp://ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalX/ General help for CLUSTAL X (1.8) Clustal X 是一个windows 界面多序列对比程序。可以用剪切和粘贴的方法改变对比的顺序；可以在比对中选择较小的区域重新比对，并将比对的结果插回到原来的比对结果中。能够进行比对质量评定，低分片断和多余的残基将突出显示。 序列输入 序列和轮廓（已经存在的比对）利用菜单文件输入，所有的序列必须放到一个文件中，7种序列可以被自动识别： NBRF/PIR, EMBL/SWISSPROT, Pearson (Fasta), Clustal (*.aln), GCG/MSF (Pileup), 除用于表示间隙的"-" 例外 ("." in MSF/RSF)，所有的非字母字符将被忽略。 序列和轮廓比对 Clustal X 有两种比对格式: 多重比对格式和轮廓比对格式。 做一系列序列的多重比对时要保证选择多重比对模式，然后展示单一序列数据。比对菜单既可以产生比对的指导树又可根据指导树进行比对，还可以做全多重比对。 在轮廓比对模式下，出现两个序列数据区，允许对两个比对结果进行比对。轮廓允许添加新序列到旧的比对中，或者应用二级结构指导比对进程。旧比对中的间隙用 "-"表示。轮廓可以用以下任何一种格式输入，只有用 "-" (or "." for MSF/RSF) 代表每一个间隙位置。在轮廓比对状态下， "Lock Scroll"按钮 is displayed which allows you to scroll the two profiles together using a single scroll bar. When the Lock Scroll is turned off, the two profiles can be scrolled independently. 进化 树 进化 树可以从 旧的比对或新比对中产生。 比对显示 比对展示在屏 幕 上 ，序列的名 称 在左 侧 。除了 通 过 剪切和粘贴改变序列的顺序外，不 能进行其 他 的编 辑 。 序列的下方有一标 尺 ，从1 开 始 表示第 一个残基的位置。比对的上 面一行用来标 记 保守 残基的位置。分别使 用三 个字母'*', ':' and '.' 表示。 '*' 表示单一的完 全保守 残基。 ':' 表示以下'强 ' 群 是完 全保守 的:- STA ； NEQK ； NHQK ；NDEQ ； QHRK ；MILV ； MILF ；HY ；FYW '.' 表示以下 '弱 ' 群 是完 全保守 的:- CSA ； ATV ；SAG； STNK ； STPA ；SGND ； SNDEQK ；NDEQHK ；NEQHRK ； FVLIM ； HFY 这 些 都 ...