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第一章 Diamond 3 界面选项的功能介绍 在本章中我们首先介绍一下一个典型的diamond 3 界面上所有选项的基本功能。 一个典型的diamond 3 的界面 打开 C:\Program Files\Diamond 3\Tu torial\文件夹中的py rene.cif 文件（上图所示）。 第一节File 菜单系列 1.1 File 菜单简介 File 菜单系列，包括Window s 系统常规的几种选项（如图 2 所示。） 图1.2 File 菜单系列 1.2 常用选项 1.2.1Op en 选项 点击该选项，可以看到 diamond 3 可以打开的所有文件类型（如图3 所示）。 图1.3 Diamond 3 支持的阅读格式 前三项是该公司开发的Diamond 及Endeavour 软件的默认格式。其中 Cif 文件格式最为通用。ICSD/Crystin 及CSD-FDat 是两个晶体学数据库输出的文件格式。Protein Data Bank格式表示支持蛋白质晶体数据库文件。常用的格式还包括笛卡儿 xyz 座标格式，这在构建特殊结构模型时极为便利，比如我们会在后面章节中提到的螺旋体的构建。 1.2.2 Save 选项 这里默认的保存格式是Diamond 3 Document （*.diamdoc）格式。 1.2.3 Save as 选项 共包括三个次级选项： 图 1.4 Diamond 3 Save as 的三个次级选项 在实际应用中，前两项功能相似，我们以 Save Document As 为例进行介绍： Save Document As 提供 14 种文件格式： 图 1.5 Diamond 3 支持的14 结构储存格式 前三项为该公司开发的结构文件格式，常用的为第一项*.diamdoc。通常在我们处理一个较为复杂的结构时，一次无法完成或者以后仍需要修改时，必须保存成该格式。该格式详细保留了您的一切设置（分子模型的模式、原子的半径颜色、键长等），demo 版不提供该格式的保存。其它格式则通常并不实用。需要指出的是，有时为了统计自建模型（比如在抽象拓扑结构时，统计两种或多种拓扑类型的比例）中原子的个数及比例，可以保存为cif 格式。 图 1.6 Diamond 3 支持的6 种图片储存格式 Save Graphic As: 本功能提供了图片保存功能，共包含了6 种图片格式。我们通常需要使用的是 bmp 格式（位图格式，文件通常较大，在word 中缩放会导致分辨率降低）、jpg 格式（文件较小，在win office 软件中可以任意缩放而不改变分辨率）、tif 格式（是很多杂志要求的图片格式，易于编辑和处理）。为实现 diamond 与 3D Max软件的交叉使用，还需要掌握另外一种文件保存格式，即 wrl 格式，该格...