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diamond_3_教程系列

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第一章 Diamond 3 界面选项的功能介绍 在本章中我们首先介绍一下一个典型的diamond 3 界面上所有选项的基本功能。 一个典型的diamond 3 的界面 打开 C:\Program Files\Diamond 3\Tu torial\文件夹中的py rene.cif 文件(上图所示)。 第一节File 菜单系列 1.1 File 菜单简介 File 菜单系列,包括Window s 系统常规的几种选项(如图 2 所示。) 图1.2 File 菜单系列 1.2 常用选项 1.2.1Op en 选项 点击该选项,可以看到 diamond 3 可以打开的所有文件类型(如图3 所示)。 图1.3 Diamond 3 支持的阅读格式 前三项是该公司开发的Diamond 及Endeavour 软件的默认格式。其中 Cif 文件格式最为通用。ICSD/Crystin 及CSD-FDat 是两个晶体学数据库输出的文件格式。Protein Data Bank格式表示支持蛋白质晶体数据库文件。常用的格式还包括笛卡儿 xyz 座标格式,这在构建特殊结构模型时极为便利,比如我们会在后面章节中提到的螺旋体的构建。 1.2.2 Save 选项 这里默认的保存格式是Diamond 3 Document (*.diamdoc)格式。 1.2.3 Save as 选项 共包括三个次级选项: 图 1.4 Diamond 3 Save as 的三个次级选项 在实际应用中,前两项功能相似,我们以 Save Document As 为例进行介绍: Save Document As 提供 14 种文件格式: 图 1.5 Diamond 3 支持的14 结构储存格式 前三项为该公司开发的结构文件格式,常用的为第一项*.diamdoc。通常在我们处理一个较为复杂的结构时,一次无法完成或者以后仍需要修改时,必须保存成该格式。该格式详细保留了您的一切设置(分子模型的模式、原子的半径颜色、键长等),demo 版不提供该格式的保存。其它格式则通常并不实用。需要指出的是,有时为了统计自建模型(比如在抽象拓扑结构时,统计两种或多种拓扑类型的比例)中原子的个数及比例,可以保存为cif 格式。 图 1.6 Diamond 3 支持的6 种图片储存格式 Save Graphic As: 本功能提供了图片保存功能,共包含了6 种图片格式。我们通常需要使用的是 bmp 格式(位图格式,文件通常较大,在word 中缩放会导致分辨率降低)、jpg 格式(文件较小,在win office 软件中可以任意缩放而不改变分辨率)、tif 格式(是很多杂志要求的图片格式,易于编辑和处理)。为实现 diamond 与 3D Max软件的交叉使用,还需要掌握另外一种文件保存格式,即 wrl 格式,该格...

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