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分子图形与分子模型设计 —— Hy perChem 使用简介 厦门大学化学系 2005 年 3 月 2 HyperChem 使用简介 HyperChem 是HyperCube Inc.的产品，它具有非常强大的综合计算与分析功能，是优秀的分子图形和分子设计的工具软件之一。HyperChem 是运行在Windows 系统的分子计算与建模软件，具有量子化学（半经验和从头算）、分子力学、分子动力学、随机动力学、Monte Carlo 模拟等计算功能，计算结果可以用三维图形显示。它还提供用户 VB、C/C++和FORTRAN 等语言的应用程序接口。HyperChem 7.5 版本已经推出。图1 是HyperChem 的工作窗口，最下部是工作状态档。在菜单下面是常用工具档。 图1 HyperChem 的工作窗口 HyperChem 的操作可以使用鼠标和键盘两种。在工具档从左开始有8 个工具图标，当鼠标点图标之后，鼠标在工作区的形状也改变为该图标的形状： 1. 绘图工具。鼠标双击该图标可直接进入缺省元素周期表，选择所要绘制元素。 2. 选择工具。 3. xy 轴方向旋转工具，也可使用键盘的上下左右光标键进行相同的操作。 4. z 轴方向旋转工具，也可使用键盘的Home 和End 键进行相同的操作。 5. xy 轴平移工具，也可使用键盘的Shift+上下左右光标键进行相同的操作。 6. z 轴平移工具。 7. 缩放工具，也可使用键盘的PgUp 和PgDn 键进行相同的操作。 8. z 轴截片工具。 鼠标操作有较为多样：左点击、右点击、左拖拉、右拖拉、左右拖拉、Shift+左点击、Shift+右点击、双击等。一般的旋转和平移操作是使用鼠标的左键进行，当完成了某个基团、分子的选择之后，可以使用右键对所选部分进行旋转和平移操作。 HyperChem 的详细操作将结合具体的实例进行讲解。以下通过对 HyperChem 5.1 的菜单命令的介绍，说明它的主要功能和使用方法。 一、File 1. New (Ctrl+N)：新建一个沿尚未命名文件。此时的工作窗口是空白。 2. Open (Ctrl+O)：打开一个已存在的分子结构文件。可打开的文件格式如下：HyperChem (HIN)、Tripos MOL2 (ML2)、MDL MOL (MOL)、Brookhaven PDB (ENT)、Isis Sketch 3 (SKC)、MOLPAC Z-matrix (ZMT)、CS ChemDraw (CHM)。 3. Merge：将一个文件里的分子文件合并到工作窗口里，一般情况下，在工作窗口只能打开一个文件，若要同时调入多个分子文件，则必须使用合并文件的命令。 4. Save (Ctrl+S)：将工作窗口里的分子结构存盘，如是新文件要输入文件名并选择文...