寻找基因的CDS,539;UTR,339;UTR及Promoter区等

寻找基因的CDS, 5'UTR,3'UTR 及Promoter 区等 By Jiao Rui 由于实验需要，最近看了很多这方面的资料，这里做个汇总。首先看下摘自WIKI 的这张图有个大概的了解。 一、CDS,5'UTR 和 3'UTR 的寻找 由上图可知，5'UTR 和 3'UTR 虽然是基因上不被翻译的区域，但他们本身属于Exon,因此找出他们的序列很简单。如我现在要寻找human LDLR（人源低密度脂蛋白受体）这个基因的5’UTR 及3'UTR，我直接在NCBI 的GENE 里面输入 LDLR，然后找human 的这个GENE，显示如下： 看到这个页面后，下拉寻找LDLR 的mRNA 序列信息 点击下图的NM_000527.4，便可得到LDLR的mRNA 全序列。 看到Homo sapiens low density lipoprotein receptor (LDLR), transcript variant 1, mRNA 后，往下拉菜单，会发现CDS 的信息，直接点击CDS，下方的CDS 序列则被深红标出，而CDS 前面180 多bp 则为LDLR 的5’UTR，而CDS 后面2000 多bp 的则为LDLR 的3‘UTR: 二、promoter 区域 promoter 怎么找？这个比较复杂，目前没找到一个软件或者网站可以精准的找到一个基因的promoter 区。但是 promoter 本身其实就是转录起始点前的一段序列，也可以说是 5’UTR上游的可以几百bp，也可以上千bp，但一般不会超过上游2000bp，有几个网站可以帮助寻找。 1.http://www.mybioinfo.info/ 这个网站极简单，但搜索范围也很大，可以找到5’上游10KB，甚至 100KB。只有填入基因的缩写名称和来源就行，比如 LDLR human,然后 search就列出一堆来,可以看到Promoter Genomic Refseq (5' up-stream 10 kb) 甚至 Promoter Genomic Refseq (5' up-stream 100 kb)。下载下来的格式就是 FASTA 了，极快无比。 2.http://rulai.cshl.edu/cgi-bin/TRED/tred.cgi?process=home 这个是冷泉港的一个数据库，专门用来查找基因的转录调节元素（Transcriptional Regulatory Element Database ）。左边有个Retrieve Promoters，点击进入，输入基因缩写如 LDLR, 染色体号，如 19，便可得到Promoter 的信息。这里面显示了 5'上游700 的数据，和转录起始点开始 300bp 的数据，总共 1000bp。但也可以自己调节位置，如我想知道-1000bp 到0 的就在右下角更改，再 refresh 就可以了。如图红色圈圈显示： 对这个结果我在软件DNA MAN NCBI 上 RUN BLAST 来确认，结果显示是 Accession number 为 FJ525879.1 的一段序列。...