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寻找基因的CDS,539;UTR,339;UTR及Promoter区等

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寻找基因的CDS, 5'UTR,3'UTR 及Promoter 区等 By Jiao Rui 由于实验需要,最近看了很多这方面的资料,这里做个汇总。首先看下摘自WIKI 的这张图有个大概的了解。 一、CDS,5'UTR 和 3'UTR 的寻找 由上图可知,5'UTR 和 3'UTR 虽然是基因上不被翻译的区域,但他们本身属于Exon,因此找出他们的序列很简单。如我现在要寻找human LDLR(人源低密度脂蛋白受体)这个基因的5’UTR 及3'UTR,我直接在NCBI 的GENE 里面输入 LDLR,然后找human 的这个GENE,显示如下: 看到这个页面后,下拉寻找LDLR 的mRNA 序列信息 点击下图的NM_000527.4,便可得到LDLR的mRNA 全序列。 看到Homo sapiens low density lipoprotein receptor (LDLR), transcript variant 1, mRNA 后,往下拉菜单,会发现CDS 的信息,直接点击CDS,下方的CDS 序列则被深红标出,而CDS 前面180 多bp 则为LDLR 的5’UTR,而CDS 后面2000 多bp 的则为LDLR 的3‘UTR: 二、promoter 区域 promoter 怎么找?这个比较复杂,目前没找到一个软件或者网站可以精准的找到一个基因的promoter 区。但是 promoter 本身其实就是转录起始点前的一段序列,也可以说是 5’UTR上游的可以几百bp,也可以上千bp,但一般不会超过上游2000bp,有几个网站可以帮助寻找。 1.http://www.mybioinfo.info/ 这个网站极简单,但搜索范围也很大,可以找到5’上游10KB,甚至 100KB。只有填入基因的缩写名称和来源就行,比如 LDLR human,然后 search就列出一堆来,可以看到Promoter Genomic Refseq (5' up-stream 10 kb) 甚至 Promoter Genomic Refseq (5' up-stream 100 kb)。下载下来的格式就是 FASTA 了,极快无比。 2.http://rulai.cshl.edu/cgi-bin/TRED/tred.cgi?process=home 这个是冷泉港的一个数据库,专门用来查找基因的转录调节元素(Transcriptional Regulatory Element Database )。左边有个Retrieve Promoters,点击进入,输入基因缩写如 LDLR, 染色体号,如 19,便可得到Promoter 的信息。这里面显示了 5'上游700 的数据,和转录起始点开始 300bp 的数据,总共 1000bp。但也可以自己调节位置,如我想知道-1000bp 到0 的就在右下角更改,再 refresh 就可以了。如图红色圈圈显示: 对这个结果我在软件DNA MAN NCBI 上 RUN BLAST 来确认,结果显示是 Accession number 为 FJ525879.1 的一段序列。...

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