细菌种特异性的16SrDNA寡核苷酸探针数据库的初步构建

细菌种特异性的 16S rDNA 寡核苷酸探针数据库的初步构建蔡正求首都师范大学生物系，北京 100037摘要：核酸二级数据库是生物信息学讨论的重要领域，对生命科学的讨论和进展起重要作用。目前，国际核酸序列公共数据库中存在大量的细菌 16S rDNA 序列，本文将利用这些已知细菌的 16S rDNA 序列，设计细菌种的特异性寡核苷酸探针，将其结果存入数据库，以计算机网络为载体，开发界面友好的通过 WWW 浏览器实现对数据库查询的系统，查询结果形象直观，为设计细菌的种特异性寡核苷酸探针提供参考和帮助，从而可加速对细菌分类及鉴定的进程。关键词：细菌 种特异性 16S rDNA 寡核苷酸探针 二级数据库CONSTRUCTION DATABASE OF SPECIES-SPECIFIC OLIGONUCLEOTIDE PROBES TARGETED FOR 16S rDNA OF BACTERIAAbstract: Secondary database that play an important role in the research and development of biology is a vital research subject in the field of bioinformatics. At present,there are enormous 16S rDNA sequences of bacteria available in the Genbank. In this paper the species-specific oligonucleotide probes for various bacteria according to 16S rDNA have been designed and stored into database. And an user-friendly search system based on computer network has been constructed. This secondary database could help users to design oligonucleotide probes to classify and identify bacteria.Key works: Bacteria ， Species-specific, 16S rDNA, Oligonucleotide probe, Secondary database生物信息学是近年来生物学与计算机科学、信息学及应用数学交叉融合而衍生出的新兴边缘学科。随着人类基因组计划等大型国际项目的实施, 分子生物信息的讨论开发和应用已经成为当前一个前沿领域和讨论热点。DNA 序列测定技术的完善和应用, 使核酸序列数据库迅速增长。国际上著名的三大核酸序列数据库（EMBL, GenBank 和 DDBJ） 的数据量以指数曲线增长，并为其他生物学数据库的建立提供了丰富完善的资源。但这些数据库提供的仅仅是未加工的原始数据，我们称之为一级数据库。这些一级数据库中存在大量的冗余信息，用于解决特别生物学问题的信息越来越难提取。二级数据库是根据讨论任务的...