國防醫學院藥學系之歷史沿革國防醫學院前身北洋軍醫學堂創設於民國前十年(1902年)之天津東門外海運局舊址,初期只招收醫科學生,於1908年始成立藥科,當時係仿照日本藥學教育肄業三年之制度,因此首開我國藥學教育之完整大學學制之始
1911年藥科第一期畢業,本學系大學部每年一期班乃傳承此一淵源,但其中有五個期班因戰爭因素停招,至今共招收九十五期班,所以2008年為本學系建系100年,同時亦是我國藥學教育百週年慶
本學系百年來的系史就如同近代史,其間經歷北伐、對日抗戰及國共內戰等因素而多次的搬遷,也反映了動蕩不安的近代歷史
依校址所在地及時間,可分作三個時期,分別是1908年至1949年的大陸時期,及搬遷至台灣後,1949年至1999年的水源時期及2000年至今的內湖時期
大陸時期因戰爭關係,本學系配合學校多次的遷移
早期由於政局混亂,教學受時局影響
民國元年北洋軍醫學堂更名為陸軍學校,民國七年學校自天津遷至北平,本學系在天津校區前後畢業六期
自民國八年迄十七年北伐成功,計共畢業七期至十三期
民國十八年藥學學制由三年改為四年(15期開始),民國二十年九一八事變,日本侵略我國東三省,民國二十二年學校遷南京漢府街臨秦淮河,民國二十五年學校更名為軍醫學校,隔年七月七日全面對日抗戰,由於日寇於八月十三日侵犯上海,南京危迫,九月學校南遷廣州
民國二十七年戰事迫近廣州,學校先遷廣西桂林,於二十八年二月遷貴州安順北門外貴西營房
民國二十八年至三十四年,藥科之各學系分佈在武當山麓及小梅山區下,當時分作六個學系及一研究所,包括基本化學系、藥劑學系、製藥化學系、生藥學系、藥品檢驗學系、化學兵器學系及藥品製造研究所,任教之老師多為留德、日、美之學者,如製藥化學系:龍康侯(留德)、葛祖良(留美)、王贊卿(留美);生藥學系:李承祜(留日)、管光地(留美);基本化學系:袁開基(留美)、嚴仁蔭(留美)、鄭法鈺