基因家族分析套路VIP免费

基因家族分析套路（一）近年来，测序价格的下降，导致越来越多的基因组完成了测序，在数据库中形成了大量的可用资源。如何利用这些资源呢？今天小编带你认识一下不测序也能发文章的思路--全基因组基因家族成员鉴定与分析（现在这一领域可是很热奥）；一、基本分析内容数据库检索与成员鉴定进化树构建保守domain和motif分析.基因结构分析.转录组或荧光定量表达分析.二、数据库检索与成员鉴定1、数据库检索1）首先了解数据库用法，学会下载你要分析物种的基因组相关数据。一般也就是下面这些数据库了Brachypodiumdb:http://www.brachypodium.org/TAIR:http://www.arabidopsis.org/RiceGenomeAnnotationProject：http://rice.plantbiology.msu.edu/.Phytozome:http://www.phytozome.net/Ensemble:http://ensembl.gramene.org/genome_browser/index.htmlNCBI基因组数据库：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/?term=2）已鉴定的家族成员获取。如何获得其他物种已发表某个基因家族的所有成员呢，最简单的就是下载该物种蛋白序列文件（可以从上述数据库中下载），然后按照文章中的ID，找到对应成员。对于没有全基因组鉴定的，可以下列数据库中找：a.NCBI:nucleotideandproteindb.b.EBI:http://www.ebi.ac.uk/.c.UniProtKB:http://www.uniprot.org/uniprot/2、比对工具。一般使用blast和hmmer，具体使用命令如下：LocalBLASTformatdb–idb.fas–pF/T；blastall–pblastp(orelse)–iknown.fas–ddb.fas–m8–b2(orelse)e1e-5–oalignresult.txt.-b:outputtwodifferentmembersinsubjectsequences(db).Hmmer(hiddenMarkovModel)search.ThesameasPSI-BLASTinfunction.Ithasahighersensitivity,butthespeedislower.Command:hmmbuild--informatafaknown.hmmalignknown.fa;hmmsearchknown.hmmdb.fas>align.out.3、过滤。Identity:至少50%.Coverregion:也要超过50%或者蛋白结构域的长度.domain:必须要有完整的该蛋白家族的。工具pfamdb(http://pfam.sanger.ac.uk/)和NCBIBatchCD-search.(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/bwrpsb/bwrpsb.cgi).EST支持BlastandHmmer同时检测到4、通过上述操作获得某家族的所有成员基因家族分析套路（二）本次主要讲解在基因家族分析类文章中，进化部分分析的内容。主要是进化树的构建与分析。一、构建进化树的基本步骤１、多序列比对.Muscleprogram.２、Model选择.分别针对蛋白序列和核酸序列的模型选择程序。ProtTestprogramforproteinandModelTestorJmodetlestforDNA(http://user.qzone.qq.com/58001704/blog).３、算法选择。三种.NJ,MLandBI.４、软件选择。MEGA(bootstrapleast1000replicates),phyMLandMrbayes(http://user.qzone.qq.com/58001704/main).５、进化树修饰.MEGA:view->optionsandsubtree->drawoptions.Alsocanbedecoratedinword(http://user.qzone.qq.com/58001704/main)二、具体步骤2.1多序列比对。一般采用muscle。因为MUSCLEisoneofthebest-performingmultiplealignmentprogramsaccordingtopublishedbenchmarktests,withaccuracyandspeedthatareconsistentlybetterthanCLUSTALW.2.2模型选择。对于用蛋白序列构建进化树的可以采用下面命令：java-Xmx250m-classpathpath/ProtTest.jarprottest.ProtTest-ialignmfile.phy.运行结果如下图注意：1）“.Phy”format.Onlyallowtencharaters.注意名字不能重复相同。2）AIC:AkaikeInformationCriterionframework.3）Gammadistributionparameter(G):gammashape.3）proportionofinvariablesites:I.2.3构建进化树2.3.1意义：a聚类分析。如亚家族分类。像MAPKKK基因家族通过进化树可以清楚分为MEKK,RafandZIK三个亚家族.b亲缘关系鉴定。在进化树上位于同一支的往往暗示这亲缘关系很近c基因家族复制分析。研究基因家族复制事件（duplicationevents），两种复制事件类型常采用的标准：Tandemduplication:Identityandcoverregionmorethan70%andtightlylinked(Holub,2001).Chromosomalsegmentduplication:PlantGenomeDuplicationDatabase(PGDD:http://chibba.agtec....