1/5实用生物信息技术期中考试（二班）农科院研究生院2007年11月18日姓名_________________座位号CAAS07F2______________得分______________矚慫润厲钐瘗睞枥庑赖賃軔。矚慫润厲钐瘗睞枥庑赖賃。写出实现以下操作的UNIX命令：（20分）在当前目录下创建子目录do回到本用户根目录将seq1.fas序列文件改名为seq2.fas删除当前目录下所有扩展名为dnd文件显示子目录ppf下文件ppf1.fas文件内容显示当前目录下文件af164138.gb前20行内容将子目录hba设为只读统计FASTA格式序列文件中序列数删除子目录temp及该目录下所有子目录和文件统计当前目录下以fas为扩展名的文件总数2.说明以下EMBOSS命令用途：（20分）seqretsplit7hba.fasdottupspl07a.fasspl07b.fassixpackppf1_pea.fasgetorf–optionsspl3.faspepinfop02440.fas-outp02440.outgarnierhba_human.fasshowalign15sbpd.aln-width80-nobottomcompseqy12618.fas-word3wossnameprimerpepcoilgcn4_yeast.fas3.从GenBank中下载河豚鱼质粒（Cosmid）序列(AF164138)，提取基因MDR2所编码之蛋白质序列，用点阵图dotmatcher显示其N-端和C-端重复区，用局部序列比对程序water分析一致残基(Identity)、相似残基(Similarity)和空位(Gap)百分比，确定重复区位置；找出N-端重复区对应于C-端重复区长度超过10个残基的插入片段。（10分）聞創沟燴鐺險爱氇谴净祸測。聞創沟燴鐺險爱氇谴净祸。1)操作命令：2)结果：一致残基(Identity)：相似残基(Similarity)：空位(Gap)：重复区位置：N-端重复区插入片段位置：4.以人血红蛋白alpha亚基(P69905)为检测序列进行BLAST搜索，找出SwissProt数据库中人血红蛋白各种不同亚基，将搜索结果填入下表，并用距离法构建系统发育树。（20分）残骛楼諍锩瀨濟溆塹籟婭骒。残骛楼諍锩瀨濟溆塹籟婭。AccessionNameSubunitLengthScoreE-ValueIdentity(%)Positive(%)Gap(%)P69905HBA_HUMANAlphaP09105HBAT_HUMANThetaP02008HBAZ_HUMANZetaP68871HBB_HUMANBetaP02042HBD_HUMANDeltaP02100HBE_HUMANEpsilonP69891HBG1_HUMANGamma1P69892HBG2_HUMANGamma22/5Q6B0K9HBM_HUMANMu3/55.斑头雁血红蛋白序列、结构、功能、进化分析（30分）以“bar-headedgoosehemoglobin”检索SwissProt序列数据库，可找到斑头雁血红蛋白序列___条，其中斑头雁血红蛋白A链（HBA_ANSIN）序列登录号（Accession）为_________，登录日期为_________，序列最近更新日期为_________，注释信息最近更新日期为_________；相关文献____篇，其中关于X-射线晶体结构研究____篇；该蛋白质功能为__________________________，属_______________家族；酽锕极額閉镇桧猪訣锥顧荭。酽锕极額閉镇桧猪訣锥顧。用蛋白质结构图形显示软件Swiss-PdbViewer比较斑头雁氧合血红蛋白（1A4F）和灰雁氧合血红蛋白（1FAW）空间结构：彈贸摄尔霁毙攬砖卤庑诒尔。彈贸摄尔霁毙攬砖卤庑诒。斑头雁氧合血红蛋白亚基有___个组氨酸残基，其中______与血色素环中央鉄原子共价结合，键长_____埃，_____与血色素环中央氧原子（OXY150）以氢键结合，键长为____埃；謀荞抟箧飆鐸怼类蒋薔點鉍。謀荞抟箧飆鐸怼类蒋薔點。用结构叠合（Fit）方法将斑头雁氧合血红蛋白亚基和灰雁氧合血红蛋白亚基按碳（）叠合，叠合后均方根误差（RootMeanSquareDeviation,RMSD）为____埃；厦礴恳蹒骈時盡继價骚卺癩。厦礴恳蹒骈時盡继價骚卺。绘图表示斑头雁和灰雁血红蛋白色素卟啉环中心铁离子与氧分子结合时的构像差异；根据上述分析结果，参阅相关文献，简述斑头雁血红蛋白序列、结构、功能和进化关系。4/56.简述你正在研究或最感兴趣的基因或蛋白质，并从NCBI、EBI和ExPASy中获取有关信息。（10分）茕桢广鳓鯡选块网羈泪镀齐。茕桢广鳓鯡选块网羈泪镀。名称研究目的进展情况物种来源生物学功能表达特异性PubMed编号(1-5篇)PMC编号(1-3篇)综述编号(1-2篇)GenBank/EMBL编号Swiss/TrEMBL编号交叉链接数据库序列特征
