利用metaphlan2结果计算alpha多样性VIP免费

利用 metaphlan2 结果计算 alpha 多样性利用 metaphlan2 结果计算 alpha 多样性前期回顾 结果展示 格式转化 什么是 α 多样性 什么是 Shannon 指数 Shannon 指数如何计算 前期回顾MetaPhlAn2 是分析微生物群落(细菌、古菌、真核生物和病毒)组成的工具，可以基于宏基因组数据，获得微生物群体中种水平精度的组成，包括细菌、古菌、真核生物和病毒。如果有株水平基因组的物种，也可以追踪和研究。MetaPhlAn2 整理了超过 17000 个参考基因组，包括 13500 个细菌和古菌，3500 个病毒和 110 种真核生物，汇编整理了 100 万+类群特异的标记基因，可以实现：精确的分类群分配准确估计物种的相对丰度种水平精度株鉴定与追踪超快的分析速度结果展示输出结果为各层级物种相对丰度值，但是这样的表格并不合适进行 α 多样性的分析SampleID Metaphlan2_Analysis_1 Metaphlan2_Analysis_2 Metaphlan2_Analysis_3 k Archaea|p Euryarchaeota|c Methanobacteria 0.31692 0 0.14969 k Archaea|p Euryarchaeota|c Methanococci 0 0.00208 0.00174 所以我们需要将 MetaPhlAn2 的结果转成 STAMP 的格式格式转化metaphlan_to_stamp.pl ./taxonomy.tsv > ./taxonomy.spf1以上程序可以在 https://github.com/LangilleLab/microbiome_helper 上下载到因为去掉了重复的分层注释，所以 STAMP 结果是Kingdom Phylum Class Metaphlan2_Analysis_1 Metaphlan2_Analysis_2 Metaphlan2_Analysis_3 k Archaea p Euryarchaeota c Methanobacteria 0.31692 0 0.14969 k Archaea p Euryarchaeota c Methanococci 0 0.00208 0.00174 什么是 α 多样性α-多样性（α-diversity）指局部区域的物种数量。什么是 Shannon 指数Shannon 指数，也称香浓指数，也是在 α 多样性分析中常见的概念， 在 1963 年由 Shannon 和 Wiener 首先提出来。Shannon 指数不只关心物种丰富度，而且同时关心物种的均匀度（Evenness），所以是对群落结构的更综合性的反应。它的具体算法是：H＝－∑（Pi）（log2Pi）其中 Pi 是样品中属于第 i 种的个体的比例，如样品总个体数为 N，第 i 种个体数为 ni，则 Pi＝ni/N。Shannon 指数的总体理念是为了预测下一个采集的物种是什么，因此它是对采集物种的不确定性进行分析。如果群落的多样性越高，那么下一个采集到物种的不确...