北京大学生科院/CLS 生物信息平台 RNA-Seq 测序数据分析服务流程 （试运行） 2015.3 平台联系人：李程（lch3000@gmail.com） 文档撰写：张超 Table of Contents 1. 测序质量评估 ............................................................................................ 3 1.1 测序数据过滤 ............................................................................................... 3 1.2 质量值分布 .................................................................................................. 3 1.3 GC 含量分布 ................................................................................................ 4 2. 参考序列比对 ............................................................................................ 4 3. 基因表达水平 ............................................................................................ 6 3.1 基因表达水平定量 ........................................................................................ 6 3.2 基因表达水平分步 ........................................................................................ 6 3.3 生物学重复相关性分析 ................................................................................. 6 3.4 样本间层次聚类及 PCA 分析 ......................................................................... 7 4. 差异基因分析 ............................................................................................ 7 4.1 基因表达标准化 ............................................................................................ 7 4.2 差异基因列表 ............................................................................................... 8 4.3 差异基因可视化 ............................................................................................ 8 4.4 差异基因聚类 ............................................................................................... 9 5. 差异表达基因功能分析 ...............................................................
