1 定义： 单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP），主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA 序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占所有已知多态性的90%以上。SNP 在人类基因组中广泛存在，平均每5 0 0 ～1 0 0 0 个碱基对中就有1 个，估计其总数可达300 万个甚至更多。SNP 所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，这种变异可由单个碱基的转换（transition）或颠换（transversion）所引起，也可由碱基的插入或缺失所致。但通常所说的SNP 并不包括后两种情况。单核苷酸多态性（SNP）是指在基因组上单个核苷酸的变异，包括置换、颠换、缺失和插入。所谓转换是指同型碱基之间的转换,如嘌呤与嘌呤( G2A) 、嘧啶与嘧啶( T2C) 间的替换;所谓颠换是指发生在嘌呤与嘧啶(A2T、A2C、C2G、G2T) 之间的替换。从理论上来看每一个SNP 位点都可以有4 种不同的变异形式，但实际上发生的只有两种，即转换和颠换，二者之比为 2：1。SNP 在CG 序列上出现最为频繁，而且多是C 转换为 T ，原因是CG 中的C 常为甲基化的，自发地脱氨后即成为胸腺嘧啶。一般而言，SNP 是指变异频率大于 1 %的单核苷酸变异。在人类基因组中大概每1000 个碱基就有一个SNP ，人类基因组上的SNP 总量大概是3 ×106 个。依据排列组合原理,SNP 一共可以有6 种替换情况,即 A/ G、A/ T、A/ C、C/ G、C/ T 和 G/ T ,但事实上,转换的发生频率占多数,而且是C2T 转换为主,其原因是Cp G 的C 是甲基化的,容易自发脱氨基形成胸腺嘧啶 T , Cp G 也因此变为突变热点。理论上讲，SNP 既可能是二等位多态性，也可能是3 个或4 个等位多态性，但实际上，后两者非常少见，几乎可以忽略。因此，通常所说的SNP都是二等位多态性的。这种变异可能是转换（C T，在其互补链上则为G A），也可能是颠换（C A，G T，C G，A T）。转换的发生率总是明显高于其它几种变异，具有转换型变异的SNP 约占2/3，其它几种变异的发生几率相似。Wang 等的研究也证明了这一点。转换的几率高，可能是因为CpG 二核苷酸上的胞嘧啶残基是人类基因组中最易发生突变的位点，其中大多数是甲基化的，可自发地脱去氨基而形成胸腺嘧啶。 SNP 在动物基因组中分布广泛,每一个核苷酸发生突变的概率大约为10 - 9 。由于选择压力,SNP 在单个基因、整个基因组中以及种群间的分布是不均匀的。SNP 在非编码区中要多于编码区,...
