1 定义: 单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP),主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA 序列多态性
它是人类可遗传的变异中最常见的一种
占所有已知多态性的90%以上
SNP 在人类基因组中广泛存在,平均每5 0 0 ~1 0 0 0 个碱基对中就有1 个,估计其总数可达300 万个甚至更多
SNP 所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异,这种变异可由单个碱基的转换(transition)或颠换(transversion)所引起,也可由碱基的插入或缺失所致
但通常所说的SNP 并不包括后两种情况
单核苷酸多态性(SNP)是指在基因组上单个核苷酸的变异,包括置换、颠换、缺失和插入
所谓转换是指同型碱基之间的转换,如嘌呤与嘌呤( G2A) 、嘧啶与嘧啶( T2C) 间的替换;所谓颠换是指发生在嘌呤与嘧啶(A2T、A2C、C2G、G2T) 之间的替换
从理论上来看每一个SNP 位点都可以有4 种不同的变异形式,但实际上发生的只有两种,即转换和颠换,二者之比为 2:1
SNP 在CG 序列上出现最为频繁,而且多是C 转换为 T ,原因是CG 中的C 常为甲基化的,自发地脱氨后即成为胸腺嘧啶
一般而言,SNP 是指变异频率大于 1 %的单核苷酸变异
在人类基因组中大概每1000 个碱基就有一个SNP ,人类基因组上的SNP 总量大概是3 ×106 个
依据排列组合原理,SNP 一共可以有6 种替换情况,即 A/ G、A/ T、A/ C、C/ G、C/ T 和 G/ T ,但事实上,转换的发生频率占多数,而且是C2T 转换为主,其原因是Cp G 的C 是甲基化的,容易自发脱氨基形成胸腺嘧啶 T , Cp G 也因此变为突变热点
理论上讲,SNP 既可能是二等位多态性,也可能是3 个或4 个等位多态性,但实际上,后两者非常少