1 一、SPM 的安装与启动 先安装 matlab,然后将 SPM 复制到 matlab 下的一个文件夹(SPM2 需要 matlab6.0 或以上版本)。启动 matlab,首先 set path,然后在 matlab 命令窗口中输入 SPM 即可启动,然后选择 fMRI,也可以直接输入 SPM fMRI 二、SPM 数据处理概要 先将所得数据进行空间预处理(对齐,平滑,标准化等),然后进行模型估计(将刺激的时间、间隔与血流动力函数进行卷积,所得结果与全脑象素信号进行相关分析),最后察看结果。 三、SPM8 数据处理的一般步骤 为方便后续的数据处理,如果数据分散处理后整合,建议所有处理数据路径保持一致,要统一路径。处理前首先要采用数据转换软件将 dicom 数据转换成 SPM 解析格式,然后进行数据预处理,预处理结束后到 matlab 安装目录中备份 spm*.ps 文件,其中包含了空间校正和标准化的信息,然后进行建模分析。 运行命令:spm fmri,打开 spm8 的操作界面 我们称左上侧的窗口为按钮窗口(button w indow ),左下侧的窗口为输入窗口(input w indow ),右侧大窗口为树形结构窗口或图形窗口(Tree Building Window or the graphics w indow )。 在 spm8 和 spm5 中,每一步处理都采用了直观的“树形结构”的面板,如果一个分支项左面有“+”号,你可以双击显示子分支项, 如果一个分支项右面有“<-X”号,你必须为之指定选项(否则不能运行该 tree),分支项的选项在其右侧面板指定,而帮助信息则在下面的面板中显示。如果我们处理数据没2 有特殊需求,我们只关心带有“<-X”项目并完成输入即可,其余均可采用默认设置。另外注意在Tree Building Window 的顶部菜单,新增了一个菜单项“TASKS”,在使用批处理分析时非常重要。 以下内容,还可以参考E:\《汇总》中“静息态 fMRI 的数据预处理流程”这部分的讲述。 1、转换数据 dicom 格式转换为 img 文件,将以层为单位的数据转换成以全脑为单位的数据。转换时格式请选择NIfTI,可用SPM 输入面板中的DiCOM Import 模块转换,也可以采用专门的转换软件,如 MRIcovert。 2、Slice timing 校正 1 个volume 中层与层之间获取(采集)时间的差异,即纠正 slice(下译为扫描层)之间采集时间的差异。这对事件相关设计的实验尤为重要,使一个TR 中的各层获得时间一致(如都在一个TR 的开始),相当于 AFNI 中tshift 所做的工作。校正后的新文件名为:a+原文件名。 ...