作者: 御剑江湖 收录日期: 2011-03-31 发布日期: 2011-03-24 Commands 描述了lammps 输入文件的格式和在定义lammps 模拟所需要的命令. 1.1 LAMMPS inpu t script 我们用lammps 做分子动力学模拟, 需要一个输入文件. lammps 在执行计算的时候, 从这个文本文件中逐行读入命令. 大多数情况, lammps 输入文件中各个命令的顺序并不是很重要. 但是你要注意以下几点: (1) lammps 并不是将你的输入文件全部读入之后才开始进行计算的, 或者说, 每条命令在它被读入之后就会起作用了. 注意, 下面两组命令的执行效果是不相同的. timestep 0.5 ru n 100 ru n 100 和 ru n 100 timestep 0.5 ru n 100 (2) 有些命令只有在另一些命令已经被定义的情况下才有效. 例如如果你要设定一组原子的温度, 那么用 grou p 命令定义哪些原子属于这个组才行. (3) 还有一种情况就是: 命令B 要用到命A 设置的一些数值, 这样你也不能颠倒这两个命令的顺序. 每个命令的详细介绍中的 Restrictions 部分会说明要使用该命令定义的时候哪些命令必须要被预先定义. 如果你的输入文件书写的格式有问题, lammps 在执行的时候会提示 ERROR 或者WARNING , 出现类似信息时, 你可以到手册的第九章中查询原因. 1.2 Parsing ru les 输入文件中的每一非空行都被认为是一条命令. lammps 中命令的书写是对大小写敏感的, 不过一般的命令和参数都是小写的, 大写字母用于极少数的情况. (1) 命令行后的 & 表示这一行跟下一行是同一条命令. 这一点跟 FORTRAN 很像. (2) 命令行最开始的 # 表示这一行在执行过程中被忽略, 你可以用它来写注释. (3) $ 是跟声明变量有关系的, 我暂时还没用到过, 具体请参阅variable 命令的详细介绍. (4) 命令行被tabs, spaces 间隔成各个“words”, 注意这里的“words”可以包含字母、数字、下划线、或标点符号. (5) 一行中第一个词是命令名, 后续的词是相关的参数. (6) 双引号内的文字空格被整体地当作一个参数, 其中的 # 或 $ 就没有前面说的作用了. 1.3 Input script structure lammps 的输入文件一般分为4个部分 Initialization, Atom definition, Settings, Run a simulation 后面的两个部分可以按照需要多次重复. Remember that almost all the commands need only be used if a non-default value is desired. (1)...
