序列间遗传距离的计算 1. 导入比对好的“*.meg”格式数据。 2. 数据划分 （1）序列数据的基因和域（genes & domains）的指定和选择 在 MEGA 中可对指定范围的序列位点进行分析。虽然经过比对和剪切后的序列通常都可全长用于分析，但对于蛋白质编码基因序列来说，序列的第一位并非总是密码子的第一位，此时要通过该设置指定密码子是从序列的第几位开始（要先通过 Spin 翻译确定），否则软件会将序列的第一位默认为密码子的第一位。具体的操作是：点击“Data→Setup/Select Genes & Domains”（在主窗口和数据管理窗口均可进行此设置），在弹出的“Genes/Domain Organiz ation”小窗口中进行设置；“From”选项用于设置分析的起始位点，“To”用于设置分析的终止位点（设置完成后会在#Site 项显示出选定范围内的位点总数），“Codon Start”用于设置密码子（开放阅读框）从序列的第几位碱基开始读起（如密码子从序列的第一位碱基开始读则设置为“1st site”，依此类推），“Codi…”用于选择是否启动蛋白质翻译功能，该项未选时（如右图）MEGA 将无法将蛋白质编码基因序列翻译成蛋白质序列，数据管理窗口中的按钮将呈灰色显示而失去功能。 （2）分类单元的分组及选择 MEGA 可对数据集中指定的分类单元进行分析。为了使选择更加方便 ，通常可对数据 的分类单元进行分组（groups），分组的具体操作是：点击“Data→Setup/Select Taxa & Groups”（在主窗口和数据管理窗口均可进行此设置），在弹出来的“Setup/Select Taxa & Groups”小窗口中根据分析需要对分类单元进行分组，选择需要分析的数据组，点击右下角的“Close”按钮关闭小窗口，即可对选定的组进行相关分析。 （3）已分组数据的保存 为了保存已经指定的数据分组，在关闭活动数据文件（active data file；在主窗口中用“File→Close Data……Alt+F5”关闭文件或直接关闭 MEGA 软件）前必须将数据输出另存，否则分组信息不会直接保存在原始序列文件中。 注意，在保存数据时必须确认数据中的所有分类单元都被选定（即在“Setup/Select Taxa & Groups”小窗口左边的“Taxa/Groups”框中选定“All”选项），否则输出的数据文件中将只能保存分析时选定的数据部分。 3. 成对序列遗传距离计算 点击“Distance→Compute Pairwise F7”菜单命令，弹出分析选择（Analasys Preference）窗口（也可称为参数设置窗口），可通过点击各选项右边的下拉菜单...
