重复序列分类TE统计VIP免费

转座子分类系统邢鹏伟2018.09重复序列串联重复散在重复片段重复简单重复微卫星DNA小卫星DNA卫星DNA转座子(TE)反转录转座子DNA转座子LTRNon-LTRSINEsLINEsHelitronsMITEsAluHarbingerCACTAhATPIFTc1/MarinerERVTy1-copiaTy3-gypsyCORE-SINEV-SINEAmnSINEL1RTER2JockeyPLEDIRSpenelopeDIRS基因组上可以改变自己位置的一段DNA序列。通俗而言，copy-paste，cut-paste转座子：Autonomous：Non-autonomous：染色体结构requirethepresenceofanotherTEtomove占比/genome果蝇：22%家蚕：35%人类：45%玉米：80%小麦：85%作用基因组大小基因组重排新基因生成基因机构及调控酵母：3%canmovebythemselvesusea"copy-and-paste"mechanism,wherebytheyarefirsttranscribedintoRNA,thenconvertedbackintoidenticalDNAsequencesusingreversetranscription,andthesesequencesaretheninsertedintothegenomeattargetsites.占比小麦：>70%人：>42%机制复制-粘贴RNA介导转座子反转录转座子转座子反转录转座子长末端重复LTRTy1-copiaTy3-gypsy天冬氨酸蛋白酶逆转录酶核糖核酸酶Pol开放阅读框GAG开放阅读框整合酶位置不同AutonomousTy3-gypsyTy3-gypsy特异家族小麦Angela,大麦BARE1，水稻Opie家族等Ty1-copiaERV转座子反转录转座子non-LTRnon-autonomous50-500bpSINEautonomous7000bpLINEAluandB1:1.1millionand650kcopiesinhumanandmousegenomes,respectively转座子DNA转座子占比小麦：~15%人：~2%机制主要为剪切-粘贴，无RNA介导发生在细胞周期S期maybeduplicated转座子DNA转座子Helitronsrollingcirclereplication结构AutonomousNon-auto动物植物非自主转座子DNA转座子Helitronsrollingcirclereplication结构AutonomousNon-auto转座酶12转座子DNA转座子MITE复制-粘贴非RNA介导non-autonomous50-500bp插入基因丰富的区域，影响基因表达分类PIF/HarbingerTc1/marinerPiggybacSuperfamilyCACTAhATMutatorPIFFamilywTourist,Acrobat,HearthealerStowawayCMITES转座子分类非常复杂纲（Class）亚纲（sub-Class）目（Order）超科（Superfamily）科（Family）亚科（sub-Family）复制方式是否需要ＲＮＡ介导依据转座子编码酶、插入机制、整体结构的不同编码区和非编码区结构序列相似性1.串联重复：tandemrepeat2.散在重复：interspersedrepeat3.片段重复：segmentalduplication4.简单序列重复：Simplesequencerepeats,SSRs5.卫星DNA：SatelliteDNA6.小卫星DNA：Minisatellite7.微卫星DNA：Microsatellite8.转座子：Transposableelements9.DNA转座子：DNAtransposons10.反转录转座子：Retrotransposons11.长末端重复：longterminalrepeat12.Longinterspersednuclearelements（LINEs）13.Shortinterspersednuclearelements（SINEs）14.MiniatureInverted-repeatTransposableElements(MITEs)15.Arthrobacterluteus(Alu)16.内源性逆转录病毒Endogenousretroviruses(ERV)17.terminalinvertedrepeats(TIRs;10–15bp)18.targetsiteduplications(TSDs).19.Dictyosteliumintermediaterepeatsequence(DIRS)20.Penelope-likeelements(PLEs),