分子生物学知识点总结1
蛋白质组 (proteome) :proteins expressed by a genome, 即基因组表达的全套蛋白质
蛋白质组学 (Protemics )则是以蛋白质组为研究对象,从整体角度,分析细胞或组织内蛋白质构成的动态变化和活动规律的科学
(相互作用网络 PPI)2
表达蛋白质组学研究的基本流程:蛋白样品的制备及定量- 总蛋白的双向凝胶电泳(染色)- 凝胶分析软件分析 - 胶内酶解 (胰肽酶) - 质谱分析(肽质量指纹图谱) - 数据库搜索鉴定蛋白性质3
双向凝胶电泳: 相互垂直的两个方向上,分别基于蛋白质不同的等电点和分子量,先经等电聚焦电泳 (isoelectric focusing , IEF) ,再经变性聚丙烯酰胺凝胶电泳( SDS-PAGE)把复杂的蛋白质成分分离
比较蛋白质组学: 通过比较同一个体肿瘤细胞(组织)与正常细胞(组织)之间蛋白质在表达数量、表达位置和修饰状态上的差异,发现与肿瘤发病或者发展有关的分子标记,用来作为肿瘤诊断的肿瘤相关蛋白
软电离:所谓“软电离”是指样品分子电离时保留整个分子的完整性,不会形成碎片离子
肿瘤血清蛋白质分析方法 (tumor serologic proteome analysis, SERPA):是从肿瘤免疫学观点出发建立的一种蛋白质组学和肿瘤免疫学相结合的方法
SERPA其实验过程如下:①双向电泳分离肿瘤组织(细胞)总蛋白质;②转膜;③建立 western blotting蛋白质印迹反应图谱(与患者或正常人血清反应) ;④软件分析确定差异反应的蛋白质斑点;⑤质谱鉴定和生物信息对肿瘤组织平行胶(replica gel) 中相应的差异蛋白质点进行鉴定,筛选出肿瘤分子标志物;⑥用 ELISA、免疫组化等方法对该分子标志物进行原位验证,或者进一步分析该蛋白功能,研究其在肿瘤进展中发