第十二章 实验设计 1 2 .1 一项关于在干旱地区生长的一种杨树（Popu lu s eu phratica），在土壤中的水分逐渐丧失后，其基因表达、蛋白谱、生态生理学及生长性能等方面产生可逆性改变的研究。作者在本实验的5 个时间点上（H5 为对照），用 qPCR 方法度量了该杨树叶子中的三个基因的转录丰度比[83]，表中给出的为阵列数据： GenBank ID 基 因 H1 H2 H3 H4 H5 AJ 780 423 半胱氨酸蛋白酶 0.7 1.0 2.3 13.1 1.9 AJ 780 698 环核苷酸和钙调节的离子通道 1.5 1.2 3.0 4.3 1.5 AJ 777 362 核糖体蛋白 1.1 1.1 1.0 0.9 1.2 借用上述数据，以三个基因作为三个区组，计算在5 个时间点上转录丰度比差异是否显著？ 答：随机化完全区组实验设计方差分析的程序，类似于两因素交叉分组实验设计。以下是本题的程序和结果： options linesize=76 nodate; data poplar; do block=1 to 3; do time=1 to 5; input trans @@; output; end; end; cards; 0.7 1.0 2.3 13.1 1.9 1.5 1.2 3.0 4.3 1.5 1.1 1.1 1.0 0.9 1.2 ; proc anova; class block time; model trans=block time; run; The SAS System The ANOVA Procedure Class Level Information Class Levels Values block 3 1 2 3 time 5 1 2 3 4 5 Number of observations 15 The SAS System The ANOVA Procedure Dependent Variable: trans Sum of Source DF Squares Mean Square F Value Pr > F Model 6 72.5560000 12.0926667 1.53 0.2809 Error 8 63.1013333 7.8876667 Corrected Total 14 135.6573333 R-Square Coeff Var Root MSE trans Mean 0.534848 117.6745 2.808499 2.386667 Source DF Anova SS Mean Square F Value Pr > F block 2 18.82533333 9.41266667 1.19 0.3519 time 4 53.73066667 13.43266667 1.70 0.2416 从上表中的结果可以看出，如果按随机化完全区组设计进行分析，不同时间点之间的差异不显著。 归纳成一般格式的方差分析表如下： 变差来源 平方和 自由度 均方 F P 区 组 18.825 333 33 2 9.412 666 67 1.19 0.351 9 时间点 53.730 666 67 4 13.432 666 67 1.70 0.241 6 误 差 63.101 333 33 8 7.887 666 7 总 和 135.657 333 3 1...
