Cytoscape 简单操作步骤 1. 构建网络 可以新建一个空白网络,也可以使用自己的数据导入构建网络,以下是导入数据构建网络: 点击 File— Import— network from table(text/ms excel) Input file 列选择自己要导入的文件 然后选择你要建立链接的两列,当前我是要聚簇图,所以我选的source 列为自身的id, target列为当前id所在簇, 其它列目前都是打的叉,这意味着画图时不考虑他们,如果你想把他们作为边的属性添加到画图中,只需要点一下该列,变成对勾即可 Interaction type 一般默认就可以(这个选项不是很清楚,默认是pp 类型) 设置好之后点击 import 这样简单的网络已经建成 2. 设置网络 默认的网络部署为grid layout,你可以自己选择自己需要的layout,点击工具栏中layout,选择其它布局,我们用的是force-direct layout 这样比grid layout 好看多了,接下来我们对簇做一些设置 首先我们导入节点属性 File— import— attribute from table 选择你要导入的属性文件,我们当前的属性文件即每个节点与它对应的簇 点击import 然后点击data panel 下第一个按钮,你会发现节点多了两个属性,一个是 column1,一个是column2,点击之后打上对勾, data panel 下就会出现这两个属性列 节点自带的属性其实还有很多,如果还想填其它自带属性,在界面中随机选一个点右键,选择 visual mapping bypass 那里还有很多 接下来设置簇的颜色 点击vizMapper 下面会有很多节点的属性,以及边的属性 找到node color双击 点击node color 旁边的please select a v… .,我们选择刚才导入的属性column2 点击Mapping Type 旁边的please select a m… .选择continuous Mapping 然后双击Graphical view 我们需要简单设置一些参数,点击min/max 因为我们当前只有0-4 簇,所以最小为0,最大为4,点击ok,然后可以点击add 多加一些分割符(如图蓝色为add 之后新加的) 默认颜色为黑和白,想要换别的颜色,双击两个分隔符之间的颜色去,选择自己想要的颜色 选好之后,界面中所有点颜色发生改变 这是对于整体颜色的设置,在图中,我们相对簇中心点设置另外的颜色以及形状,选择簇中心点右键visual mapping bypass 选择node shape,我们选正方形,然后点击apply 点击visual mapping bypass 选择node color,设置颜色,如下: 这时我们点击data panel 中第一个按钮,发现多了两个属性,一个是node.fillcolor,一个是node.shape,...
