Protocol No. PT140726-1 Genloci Classic CRISPR-Cas9 内部操作流程 Genloci Classic CRISPR-Cas9 内部操作流程 Protocol No. PT140726-1 Genloci Classic CRISPR-Cas9 内部操作流程 1,CRISPR-Cas9 基因编辑实验流程图如下: pGK1.1 设计2 条单链oligo 序列;退火形成双链DNA。 将双链DNA 连接到载体中。 转化 G10 Competent Cell;筛选阳性克隆;测序验证序列;质粒大提;电转染靶细胞。 在细胞内crRNA 识别靶位点,Cas9 对靶位点进行随机剪切。 CruiserTM 酶切细胞池,计算突变率;CruiserTM 酶切初筛阳性克隆;将阳性克隆测序验证;做敲除序列比对分析。 U6 CACCG CAAA 1 2 3 4 5 5’ -5’ 3’ -3’ - - ~20bp Protocol No. PT140726-1 Genloci Classic CRISPR-Cas9 内部操作流程 2,操作步骤 实验前,请您务必做好以下验证实验: A. 单细胞生长情况,确保单个细胞可以正常生长形成单克隆,即,低密度的细胞在培养皿中可以形成单克隆。 B. 目的基因的表达情况分析,为防止因染色体缺失等情况导致靶基因缺失,首先需要 PCR 扩增靶基因,并对 PCR 结果进行测序,确保靶基因的完整存在;其次,您还可以用 RT-PCR 分析靶基因的活跃度。 1. 设计 Oligo DNA 序列 首先,您需要在靶标 DNA 区域中设计一对 20bp 左右的 oligo DNA,您可以通过以下在线工具设计: ●麻省理工学院的 CRISPR Design:http://crispr.mit.edu/ ●德国癌症研究中心的 E-Crisp:w w w .e-crisp.org/E-CRISP/designcrispr 下面我们选择麻省理工学院的 CRISPR Design 工具来做设计举例,以 Fu t8 基因为例,一次只能输入大小为 23~250bp 的基因片段,最好一次只输入一个外显子,避免Guide 序列跨内含子的。 点击“Dow nload as genbank”按钮,出现以下界面:“Fut8” 根据左边的 score 的高低选取合适的 Guide 序列,以 Guide#1 序列为例,2 条单链 oligo 的序列如下(红色字体部分是要与 BbsI 酶切后的载体相互补的部分): Fut8-F: caccG AATGAGCATAATCCAACGCC Fut8-R: aaacGGCGTTGGATTATGCTCATTC ※注意:oligo DNA 设计序列的第一个碱基必须是 G,如果你选取的 Guide 序列的第一个碱基不是 G,可自行加一个 G 上去。 另外,需在位点上下游各设计一条引物,用于后续 PCR 或测序检测阳性克隆,引物能扩增约 300bp的 DNA 片段...