柯氏鼠兔鉴定屡次出现错误，并非是柯氏鼠兔的分类特征不明显
人们将其称为突颅鼠兔就是因为它的眼睛特别大，致使头骨非常隆起，颧弓显著外突，而且眶间部很窄，所以其特征很明显
人们屡屡鉴定失误的原因主要是因为鼠兔属的种类本身就不多，柯氏鼠兔更是我国鼠兔属中数量极为稀少的一个最古老的残留物种，其现生种现仅分布在我国的局部山区
柯氏鼠兔是兔形目、鼠兔科现存 20 余种鼠兔中最古老的遗留种，在我国周口店的中更新世地层中就曾发现柯氏鼠兔的化石
从中国鼠兔亚属种系发生的分支图分析可见，柯氏鼠兔位于分支图的第一支，在 22 项形态特征中，21 项为原始古老性状，显著别于其他种类
从其分布范围缩小的现象及头骨特征等都表明，它的进展已走向衰退，是处于濒临灭绝状况的一个种类
1990 年世界自然保护联盟在其《IUCN 濒危动物红皮书》中，将柯氏鼠兔定为渐危级濒危动物，属于种群数量正在减少，并面临濒危状态的种类
1998 年柯氏鼠兔又被列入《中国濒危动物红皮书》中，被我国定为濒危级种类
针对柯氏鼠兔的濒危状况，国内外学者都在呼吁尽早讨论和保护这一古老的残留物种，在第五届国际兽类学大会期间发布的《兔形目行动计划》中，已把柯氏鼠兔等列为亟待保护和讨论的种类
据 1999 年的调查结果，柯氏鼠兔在其栖息地内的数量和密度都相对较高
调查发现，在阿尔金山保护区阿其克湖的丁字口地区，每公顷平均有 44 个柯氏鼠兔洞穴
在兔子湖南部 1 公顷样方内有 152 个洞穴，洞穴利用率为 28
9%，并在该区域采集到 8 只柯氏鼠兔标本
但在 2024 年的综合科学考察中，动物组的调查样方中没有采到 1 只柯氏鼠兔，只是在 2024年的补充调查期间在免子湖一带采集到 2 只活体，其分布数量已较 10 年前大为降低
在阿其克湖的丁字口地区，不仅看不到鼠兔，就连新的和现利用的洞群都几乎看不到，只有少量已被风沙走石填埋的陈旧洞群
