高血压相关基因和蛋白质数据库的初构_张其鹏VIP免费

#论著#高血压相关基因和蛋白质数据库的初构张其鹏v,张丹,刘贝,朱晓华,卢铭,陈光慧,尚彤,汤建(北京大学心血管研究中心,北京100083)[关键词]高血压;基因;蛋白质类;生物信息学;数据库,文献型[摘要]目的:构建高血压相关基因和蛋白质数据库,以促进高血压医学生物信息学的研究。方法:以GenBank、LocusLink、GDB、GenCard、Proteome等数据库作为信息数据来源;根据高血压相关信息的内容将数据库设计为基因、蛋白质和功能3部分;编写软件从上述信息资源中获取数据,分类整理,存入数据库,利用软件的管理和查询功能对于本地数据进行管理和检索。结果:经过OMIM、文献和相关数据库的检索,目前确定了431个高血压的相关基因,379个蛋白质;建立高血压相关基因和蛋白质数据库,并对其内容进行初步分析。最终实现了网上发布和查询。结论:通过整合现有相关信息,建立一个种类繁多、内容齐全与高血压相关的二级数据库,为高血压和心血管的研究提供一个新的便捷的生物信息查询的工具。[中图分类号]R54411[文献标识码]A[文章编号]1671-167X(2002)02-0178-06ThepreliminaryconstructionofthedatabaseofhypertensionrelatedgenesandproteinsZHANGQ-iPengv,ZHANGDan,LIUBei,ZHUXiao-Hua,LUMing,CHENGuang-Hui,SHANGTong,TANGJian(InstituteofCardiovascularResearch,PekingUniversity,Beijing100083,China)KEYWORDSHypertension;Gene;Protein;Bioinformatics;Database,bibliographicSUMMARYObjective:ToconstracthypertensionRelatedGeneandProteinDatabaseandprovideausefulquerytoolfortheresearchofhypertensioninbiomedicalinformation.Methods:Dataarecollect-edfromdatabasessuchasGenBank,LocusLink,GDB,GenCard,andProteome.Anditemsoftheda-tabasearedividedinto3aspects:gene,proteinandfunction.Datawereclassified,andstoredintoda-tabasebyprogrammingandpublishedonweb.Results:Wefound431genesand379proteinstorelatetohypertensionfromOMIM,relatedarticlesanddatabases.Andthecontentsofdatabasewerealsoanalyzed.Conclusion:Acompleteandcontent-richdatabaserelatedtohypertensionhasbeencon-structed,providinganewandusefulbioinformaticsquerytoolforhypertensionandcardiovascularre-search.[JPekingUniv(HealthSci),2002,34:178-183]GenBank作为关于核苷酸以及蛋白质序列信息的主要数据库,为其他生物学数据库的建立提供了丰富完善的资源[1]。但因其内部信息的暴涨与冗余,用于解决生物信息学和分子生物学中特殊问题的数据子集越来越难以摘录。为适应医学和生物学的特殊需要,现已建立了各种二级数据库,如OnlineMendelianInheritanceinMan(OMIM)、HugeIndex等。高血压是一个影响到公共健康的严重疾病,在工业社会中有25%的成人患高血压[2],它是许多疾病发病和致死的主要危险因素,如中风、心肌损伤、充血性心力衰竭以及末期肾性疾病等[3,4]。近年来,由于分子生物学和分子遗传学的发展,已经逐步基金项目:国家重点基础研究发展规划项目基金(G2000056907)资助。SupportbytheMajorStateBasicResearchDevelopmentProgramofPeople.sRepublicofChina(G2000056907)vCorrespondingauthoremail,zhang7peng@263.net#178#北京大学学报(医学版)JOURNALOFPEKINGUNIVERSITY(HEALTHSCIENCES)Vol.34No.2Apr.2002认识到高血压是一个多基因参与的、环境和遗传因素相互作用引起的综合征或复杂疾病,而且发现了许多与血压调节和高血压发生相关的候选基因和致病基因,但其发病的确切分子生物学机制仍不十分明确[5]。对高血压相关基因和蛋白质的数据亦缺乏系统的整理和分析。虽然Affymetrix公司和CaseWesternReserveUnviersity的Chakravarti实验室构建了HypertensionCandidateGeneSNPs(http:PPcm-bi.bjmu.edu.cnPgenomePcandidatesPsnps.html),但仅对116个高血压相关基因的单核苷酸多态性作了初步总结,缺乏全面、系统的归纳和分析。我们实验室在1999年亦构建了高血压相关基因数据库(http:PPcmbi.bjmu.edu.cnPchromPdefault.htm),但仅有187个高血压相关基因,且其内容只包括了基因在染色体上的定位、相关的OMIM连接、基因与...