保护抵扣权与善意接受虚开发票规则的协调正如国家税务总局办公厅在关于《国家税务总局关于纳税人对外开具增值税专用发票有关问题的公告》（国家税务总局公告2014年第39号）的解读中第一句话所说的：虚开增值税专用发票，以危害税收征管罪入刑，属于比较严重的刑事犯罪。纳税人对外开具增值税专用发票，是否属于虚开增值税专用发票，需要以事实为依据，准确进行界定。的确，长期以来，我们对于虚开增值税专用发票行为的判定过于武断，这已经在司法判例层面已经有不同意见，而且过于对于虚开行为的定义很可能会误伤创新商业模式的发展。因此，总局在制定2014年39号公告实际开启了对于虚开增值税专用发票行为的定性采取了更为严谨的态度，即一定要以事实为依据，准确进行界定，不能用简单的、容易处理的角度采用一刀切的做法。同时39号文最后一句话“受票方纳税人取得的符合上述情形的增值税专用发票，可以作为增值税扣税凭证抵扣进项税额”，但这是否意味着我国对善意接受虚开增值税发票规则进行了变更了呢，我可能不是这样乐观。在增值税制度中，为保持税制中性，纳税人的进项税抵扣权是应该被保护的但是，在我国1994年开始实行增值税之初，虚开增值税发票的行为特别猖獗。在国家金税工程一期和二期上线以后，虚开增值税发票的行为才可以得到比较有效的遏制。但是，鉴于我国增值税凭票抵扣的特点，即使在金税三期上线后，实务中纳税人虚开增值税发票的现象还是屡禁不绝。因此，总局对虚开增值税发票行为采取了严厉的打击力度。同时，更加一刀切的对于善意接受虚开增值税发票的纳税人也给予了打击，而否定其增值税进项税抵扣权。《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发〔2000〕187号）规定，购货方与销售方存在真实的交易，销售方使用的是其所在省（自治区、直辖市和计划单列市）的专用发票，专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符，且没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的，对购货方不以偷税或者骗取出口退税论处。但应按有关规定不予抵扣进项税款或者不予出口退税；购货方已经抵扣的进项税款或者取得的出口退税，应依法追缴。购货方能够重新从销售方取得防伪税控系统开出的合法、有效专用发票的，或者取得手工开出的合法、有效专用发票且取得了销售方所在地税务机关已经或者正在依法对销售方虚开专用发票行为进行查处证明的，购货方所在地税务机关应依法准予抵扣进项税款或者出口退税。如有证据表明购货方在进项税款得到抵扣、或者获得出口退税前知道该专用发票是销售方以非法手段获得的，对购货方应按《国家税务总局关于纳税人取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发〔1997〕134号）和《国家税务总局关于〈国家税务总局关于纳税人取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知〉的补充通知》（国税发〔2000〕182号）的规定处理。但是，这一文件规定比较模式，实际执行中不仅增加了纳税人的税务风险，也增加了基层税务机关的执法风险。总局部署开展对国内某地开具的货物运输增值税专用发票进行全国检查。在税务检查中，部分税务机关对于企业取得的来自某地的货物运输增值税专用发票作为善意取得虚开增值税发票，直接做进项税转出并加收滞纳金。当时，部分企业就已经提出了反对。因为，企业反映，第一，我的货物运输合同就是和某地A运输企业签订的；第二，货物运输行为也真实发生了可以看到我的货也是从某一地运到另外一地，我自己和购货方都可以证明；第三发票也是真的，通过了你金税系统的发票认证，且发票上的运输方和合同承运方一致；第四，款项也是支付给承运方的，这个也有银行转账凭证的记录。但是，税务局说这些都认可。但是经我们调查，合同虽然是和A运输公司签的，但实际的运输业务挂靠在A公司名下的个体运输户运输的，A运输公司自有运输工具很少。因此，税务局就认为A公司属于为他人代开发票行为，属于虚开。此时，取得运输发票的企业属于善意取得虚开增值税专用发票，不能抵扣进项税。如果这么执行实际不是为难企业吗，难道需要在A企业来运输货物时去审核...
