SSR分子标记讲解VIP免费

SSR标记—崔朝宇SSR标记的简介及原理SSR标记的步骤及分析SSR标记引物设计SSR标记123SSR（simplesequencerepeat）SSR标记简单重复序列（SimpleSequenceRepeat，SSR），指的是基因组中由1-6个核苷酸组成的基本单位重复多次构成的一段DNA，广泛分布于基因组的不同位置，长度一般在200bp以下SSR标记是一种通过直接分析遗传物质的多态性来鉴别生物内在的核苷酸排布及其外在状态表现规律的技术SSR标记的简介SSR分子标记的分子学基础微卫星在真核生物的基因组中的含量非常丰富，而且常常是随机分布于核DNA中。在植物中通过对拟南芥、玉米、水稻、小麦等的研究表明微卫星在植物中也很丰富，均匀分布于整个植物基因组中，但不同植物中微卫星出现的频率变化是非常大的常见的二核苷酸重复单位：（AC)n、（GA)n、（AT)n常见的三核苷酸重复单位：（AAG)n、（AAT)nSSR分子标记的分子学基础微卫星中重复单位的数目存在高度变异，这些变异表现为微卫星数目的整倍性变异或重复单位序列中的序列有可能不完全相同，因而造成多个位点的多态性。如果能够将这些变异揭示出来，就能发现不同的SSR在不同的种甚至不同个体间的多态性，基于这一想法，人们发展了SSR标记SSR分子标记原理根据两端序列的保守性，设计引物；进行PCR，电泳分离，染色显带以检测、分析微卫星序列多态性；并确定基因排布序列及表型，最终达到成功鉴定的目的。简而言之，就是通过对样本DNA多态性的分析，从而来得到样本DNA序列以及在遗传性状上的调控和差异。SSR标记原理示意图SSR分子标记的优势SSR在真核生物基因组中分布广多态性丰富其产物进行测序胶电泳分离时单碱基分辨率高、遗传信息量大SSR通常为显性标记，呈孟德尔式遗传具有很好的稳定性和多态性DNA用量少技术要求低，成本低廉PCR扩增的可重复性高SSR分子标记的劣势开发和合成新的SSR引物投入高、难度大现有的SSR标记数量有限，不能标记所有的功能基因SSR多态性的检测和应用很大程度上依赖PCR扩增的效果SSR座位突变率高，对变异反应非常敏感等等。SSR分子标记的步骤第一步：DNA提取：第二步：PCR:PCR体系（15微升）：45纳克模板DNA2.25微摩尔/升引物11.5毫摩尔/升氯化镁各625微摩尔/升4种dNTP10XPCR缓冲液1.5UTaqDNA聚合酶PCR反应程序：变性94摄氏度3min30次循环：94摄氏度25s，50-60摄氏度25s，72摄氏度45s最后72摄氏度延伸10minSSR分子标记的步骤第三步：扩增产物电泳分离：一般用聚丙烯凝胶电泳或者特殊的琼脂糖凝胶检测扩增产物第四步：染色：一，银染A，银染液的配制：固定液(100mL冰乙酸加水稀释至1000mL)；染色液(2gAgNO3、1．5mL37％甲醛，加水稀释至1000mL)；显色液(30gNa2CO3、1．5mL37％甲醛、0．2mLNa2S203，加水稀释至1000mL)终止液(10％冰乙酸)。SSR分子标记的步骤B，银染法操作：固定30min→去离子水洗涤5-10min→染色3Omin→去离子水洗涤2次(每次不超过30S)→显色至所要程度→终止显影。二，溴化乙锭(EB)染色：将EB贮液(10mg·mL-1)用双蒸水稀释至0．5μg·mL-1，EB染色操作：将电泳后的凝胶放人染色液中30min，染色后的凝胶放人蒸馏水中清洗5min，再将凝胶放人紫外凝胶成像仪观测结果。SSR分子标记的步骤第五步：结果分析微卫星分子标记对18份山羊草基因型的扩增结果引物设计二三一从有关数据库（GenBank,EMBLDDBJ等）或文章中查询使用近缘种的引物构建基因组文库,筛选SSR位点SSR分子标记引物设计构建基因组文库,筛选SSR位点5'锚定PCR分离SSR标记K可以跟任何核苷酸配对，V不能与A配对，R不能与G配对，其他核苷酸均可与它们配对。这样，VRVRV五个碱基一起构成了一个封闭碱基群。在PCR过程中，由于VRVRV不能与GA配对，该引物与模板DNA结合的时候，就不会在(GA)n重复区滑动，只会结合在如图1所示的位置上，以保证SSR位点的长度多态性不会丢失。Thankyou!谢谢观赏WPSOfficeMakePresentationmuchmorefun@WPS官方微博@kingsoftwps