NCBI 的BLast 最好生物核酸的数据库 NCBI 是在NIH 的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。NLM 是因为它在创立和维护生物信息学数据库方面的经验被选择的，而且这可以建立一个内部的关于计算分子生物学的研究计划。NCBI 的任务是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。 BLAST 是一个NCBI 开发的序列相似搜索程序，还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。BLAST 能够在小于 15 秒的时间内对整个DNA 数据库执行序列搜索。NCBI 提供的附加的软件工具有：开放阅读框寻觅器（ORF Finder），电子 PCR，和序列提交工具，Sequ in 和BankIt。所有的NCBI 数据库和软件工具可以从 WWW 或 FTP 来获得。NCBI 还有 E-mail 服务器，提供用文本搜索或序列相似搜索访问数据库一种可选方法。 NCBI 的BLast 种类介绍 ? Gapped BLAST （2.0） — 一种 BLAST 版本，允许在它产生的对齐（alignments）中存在缺口。统计有效性的评估是基於使用随机序列的优先模拟。在不久的将来，所有对 Gapped BLAST 的访问都要通过 QBLAST。 ? QBLAST — 一种新的系统，允许用户以他们方便的方式检索Gapped BLAST 结果，并且可以用各种格式选项多次格式化他们的结果。这个系统也使 NCBI 更有效的使用计算资源，更好的为大家服务。到1999 年秋季，QBLAST 系统用於所有的BLAST 搜索。 ? PSI-BLAST — 位点特异迭代BLAST — 用蛋白查询来搜索蛋白资料库的一个程式。所有被BLAST 发现的统计有效的对齐被总和起来形成一个多次对齐，从这个对齐，一个位置特异的分值矩阵建立起来。这个矩阵被用来搜索资料库，以找到额外的显著对齐，这个过程可能被反复迭代一直到没有新的对齐可以被发现。 ? PHI-BLAST — 模式发现迭代BLAST — 用蛋白查询来搜索蛋白资料库的一个程式。仅仅找出那些查询序列中含有的特殊模式的对齐。 ? BLAST 两个序列 — 一个基於BLAST 的工具，对齐两个核酸或蛋白的序列，产生一个成对的DNA-DNA 或蛋白—蛋白序列比较。 ? IgBLAST —IgBLAST 被开发出来以便於分析在GenBank 中的免疫球蛋白的序列。它允许用blastp 或blastn 来搜索nr 资料库或一个由免疫球蛋白生殖系变化区基因的特殊的资料库。搜索可以限制在人类或小鼠的基因。IgBLAST 执行三个主要的功能∶1）报告与查询序列最相似的可变，D，或J 区，2）根据 Kabat et al.来注解免疫球蛋白domains（从...
