MEGA 软件——系统发育树构建方法 1)序列文本 构树之前先将每个样品的序列都分别保存为tx t 文本文件中，序列只包含序列字母（ATCG 或氨基酸简写字母）。文件名名称可以已经您的想法随意编辑。 2)序列导入 MEGA 5 首先打开 MEGA 5 软件，界面如下： 然后，导入需要构建系统进化树的序列： 点击OK 如果是DNA序列，点击DNA，如果是蛋白序列，点击Protein。 出现新的对话框，创建新的数据文件 如果是DNA序列，点击DNA，如果是蛋白序列，点击Protein。 导入成功 3 )序列比对分析 点击W，开始比对。比对完成后删除序列两端不能完全对其的碱基。 系统分析 然后，关闭该窗口，在弹出的对话框中选择保存文件，文件名随便去，比如保存为1。 4 )系统发育树构建 以NJ为例 Bootstrap选择1000，点Computer，开始计算 计算完毕后，生成系统发育树。 以下“系统发育树树的修饰”方法沿用斑竹brightfu tu re01 的方法 5 )树的修饰 建好树之后，往往需要对树做一些美化。这个工作完全可以在 word 中完成，达到发表文章的要求。点击 image，copy to clipboard。新建一个 word 文档，选择粘贴。见下图： 在图上点击右键-编辑图片，就可以对文字的字体大小，倾斜等做出修饰。见下图： 这个时候可以通过 Adobe professional 对其进行图像导出：先将此 w ord 文档打印成 PDF，见下图： 将打印出来的PDF 保存在桌面上，打开，如下图： 此时，点击工具，高级编辑工具，裁剪工具，如下图所示： 选择需要的区域以删除周围的空白区，双击发育树，会出现下图： 点击确定，出现下图 (把空边切掉了)： 点击文件，另存为，在保存类型一栏中选择 TIFF 格式，点击确定后会生成下面这个图片，所生成图片绝对可以满足文章的发表： OK，结束了，自己玩一把吧。
