下载后可任意编辑1引言讨论表明, DNA 甲基化能引起 DNA 构象、 结构及性质的改变, 改变DNA 与蛋白质的相互作用, 从而控制基因的表示。碱基甲基化是最早发现的一种 DNA 修饰, DNA 碱基与甲基化试剂的反应会引起 DNA 结构与性质的改变, 这些改变有可能导致细胞突变、 衰老甚至癌变。对DNA 碱基与甲基化试剂反应的细节进行讨论, 从分子层面认识胸腺嘧啶甲基化引起的 DNA 结构、 性质及其功能改变的微观机制, 可揭示DNA 甲基化致病的机理, 为临床上相关疾病的治疗提供理论基础, 胸腺嘧啶是甲基化试剂修饰的主要 DNA 碱基, 因此, 对碘甲烷与胸腺嘧啶的反应机理进行讨论拥有一定意义。2 理论背景2.1 含时和不含时薛定谔方程一个系统的状态能够用系统中粒子的坐标和时间组成波函数( 态) Ψ来表示。未受干扰的量子力学系统能够用含时的薛定谔方程[1]来表示: 对于n个粒子的系统, 相应的用三维坐标表示的含时薛定谔方程为: 是哈密顿算符, 是动能算符和势能算符之和。Ψ 是描述体系定态的状态波函数, 它包含了体系所有的微观性质。从理论上讲, 对薛定谔方程求解就能够获得任何多电子体系中电子结构和相互作用的全部描述, 可是因为在多电子原子中电子间存在着复杂的瞬时相互作用, 其势能函数形式比较复杂, 精确求解薛定谔方程从数学的角度来看是无法实现的, 因此必须采纳近似的方法来求解。引入了不同的近似假设产生了不同的量子化学计算讨论方法, 它主要分为三类: 从头算方法、 半经验分子轨道法和密度泛函讨论方法[2]。(1.1)(1.2)2.2 从头算理论从头算(ab initio)是狭义的第一性原理计算, 它是指不使用经验参数, 只用电子质量, 光速, 质子中子质量等少数实验数据去做量子计算[3-4]。2.3 HF 自洽场理论应用三种近似的方法来解决多电子体系的薛定谔方程。―Born-Oppenheimer 近似电子的运动和核的运动分离, 电子在核的相对位置固定不变的力场中运动。―Hartree-Fock 近似 在多电子体系里, 单个电子与其它多电子构成的场中相作用, 而不是孤立的[5]。―LCAO分子轨道能够用原子轨道线性组合而得到。2.4 基组一般, 类氢波函数因包括电子相关的修正, 导致数学上计算的复杂性和过于耗时而不常被应用。实际上, Ψ (r)波函数包括了它们被简化了的径向部分。最初的基组是斯莱特型轨道 (STO): Ψ (r) = r n-1exp[-(Z-s) r/n] (1.3)s 是屏蔽常数, Z-s 能够被当作系数 ζ, 由此得到高斯类...
