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在线设计基因、lncRNA的siRNA/shRNA序列siDirectDSIRSigmainvivogenRNAiCodex12345siDirect（寻找基因、lncRNA的siRNA序列）1网址：http://sidirect2.rnai.jp/siDirect1：输入基因的accessionnumber（NCBI）siDirect2：点击，自动出现对应序列3：点击，设计siRNAsiDirect点击options,可设置其他参数点击options，网站会给出一系列的siRNA及其他判断信息，如Tm值，脱靶效应，GC含量等siDirectsiDirect以小鼠HOXC6为例，accessionnumber为NM_010465.2siDirect红框处即为得到的siRNA序列，包含正义链（上行）和反义链（下行）siDirect以人LINC01018为例，accessionnumber为NR_024424.2DSIR（寻找基因、lncRNA的siRNA/shRNA序列）2网址：http://biodev.extra.cea.fr/DSIR/DSIR.htmlDSIRDSIR1：输入基因名2：输入FASTA序列DSIR3：选择要设计的序列要求4：运行DSIR以小鼠HOXC6为例，NCBI中找到小鼠HOXC6的转录本序列DSIR选择siRNA21nt，点击运行网站会按照评分高低，将设计的siRNA排序，且去掉评分在90分以下得siRNA,我们只要选择排在前面得siRNA即可。SS为正义链，AS为反义链DSIRDSIR以人LINC01018为例Sigma（寻找基因、lncRNA的shRNA序列）3网址：http://www.sigmaaldrich.com/china-mainland/zh/life-science/functional-genomics-and-rnai/sirna/mission-predesigned-sirna.htmlSigma输入基因名或基因IDSigmaSigma以HOXC6为例点击shRNASigma此处包含种属信息，可根据需要选择好种属，然后点击价格SigmaProductDetails下面出现VALIDATED，即为验证过的序列。一般倾向选择CDS区的shRNA。sigma一般为pLKO.1载体，其shRNA序列一般为：5’CCGG—21bpsense—CTCGAG—21bpantisense—TTTTTG3’正义链反义链Sigma该网站有关lincRNA的沉默序列非常少；因此不建议选用该网站设计shRNA序列invivogen（寻找基因的siRNA序列）4网址：https://www.invivogen.com/sirnawizard/design.phpinvivogen1：输入基因名2：输入编码序列invivogen3：点击搜索invivogen以小鼠HOXC6为例，NCBI中找到小鼠编码区的HOXC6序列invivogen点击搜索后即可得到上述siRNA序列信息RNAiCodex（寻找基因的siRNA序列）5网址：http://cancan.cshl.edu/cgi-bin/Codex/Codex.cgiRNAiCodexRNAiCodex搜索形式多样，如基因symbol、Accessionnumber、EnsemblID等种属包含：人、小鼠、大鼠RNAiCodex以人HOXC6为例，选择Symbol，输入基因名，选择种属人，点击提交；结果中点击箭头所示的编号，即可出现序列信息（红色序列即为siRNA序列）小结网站名类型适用范围检索方式种属网址siDirectsiRNAshRNAgenelncRNAaccessionnumber不限http://sidirect2.rnai.jp/design.cgiDSIRsiRNAshRNAgenelncRNAgenename&FASTA不限http://biodev.extra.cea.fr/DSIR/DSIR.htmlSigmashRNAgenelncRNA(少）genename/symbol/ID人/小鼠/大鼠https://www.sigmaaldrich.com/china-mainland/zh/life-science/functional-genomics-and-rnai/sirna/mission-predesigned-sirna.htmlinvivogensiRNAgenegenename&编码序列不限https://www.invivogen.com/sirnawizard/design.phpRNAiCodexsiRNAgenegenesymbol等人/小鼠/大鼠http://cancan.cshl.edu/cgi-bin/Codex/Codex.cgi设计的目标序列建议在NCBIBLAST哦，（www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST）其他方便快捷的siRNA网站有待后续挖掘更新！