精品文档---下载后可任意编辑本帖首发于 Raindy'blog,转载请保留作者信息，谢谢！欢迎有写生物学软件专长的战友，加入生信教程写作群：13559330，接头暗号：你所擅长的生物学软件名称软件简介: CLUSTALX－是 CLUSTAL 多重序列比对程序的 Windows 版本。Clustal X 为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。 序列将显示屏幕的窗口中。采纳多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征。窗口上面的下拉菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。 主要功能： 你可以剪切、粘贴序列以更改比对的顺序； 你可以选择序列子集进行比对； 你可以选择比对的子排列(Sub-range)进行重新比对并可插入到原始比对中； 可执行比对质量分析，低分值片段或异常残基将以高亮显示。当前版本 链接地址:http://www.hanzify.org/index.php?Go=Show:ist&ID=7435 (请完整复制)应用:Clustalx 比对结果是构建系统发育树的前提实例：植物呼肠孤病毒属外层衣壳蛋白 P8(AA 序列)为例流程：载入序列―>编辑序列―>设置参数―>完全比对―>比对结果 1.载入序列：运行 ClustalX，主界面窗 口如下所图（图 1），依次在程序上方的菜单栏选择“File”－“Load Sequence”载入待比对的序列，如图 2 所示，假如当前已载入序列，此时会提示是否替换现有序列(Replace existing sequences)，根据具体情形选择操作。 图 1精品文档---下载后可任意编辑 图 2 2.编辑序列： 对标尺(Ruler)上方的序列进行编辑操作，主要有 Cut sequences(剪切序列)、Paste sequences(粘贴)、Select All sequences(选定所有序列)，Clear sequence Selection(清除序列选定)、Search for string(搜索字串)、Remove All gaps(移除序列空位)、Remove Gap-Only Columns(仅移除选定序列的空位) 图 3 3.参数设置： 可以根据分析要求设置相对的比对参数。通常情况下，我们可以使用默认参数。比对参数主要有六个，分别是 Reset New Gaps before Alignment(比对前重置新的空位参数)，Reset All Gaps before Alignment（比对前重置所有空位参数），Pairwise Alignment Parameters（两两序列比对参数），Multiple Alignment Parameters（多重序列比对参数），Protein Gap Parameters（蛋白空位参数），Secondary structure Parameters（二级结构参数），如图 4 所示：精品文档---下载后可任意编辑 图 4 修改参数只需点击相应...
