精品文档---下载后可任意编辑GMD2.0 的扩展——多 GPU 并行及基于 GPU 的 MD约束算法的开题报告一、选题背景分子动力学模拟（Molecular Dynamics, MD）是一种重要的计算化学工具，在材料科学、生物化学等领域有广泛应用。由于 MD 模拟的计算量较大，因此需要进行高效的并行计算。目前，已经有许多高效的分子动力学软件，如 LAMMPS、Gromacs 等，都广泛应用于科学讨论和工业生产中。GMD2.0（GPU-accelerated Molecular Dynamics 2.0）是一款基于 GPU 加速的 MD 软件，它拥有高效的 GPU 并行计算能力，可以大大提高 MD 模拟的计算效率。然而，目前 GMD2.0 还存在一些待解决的问题，如如何进一步提高其计算效率，增强其功能等。二、讨论内容本讨论旨在通过以下两个方面的扩展来完善 GMD2.0：1. 多 GPU 并行计算目前 GMD2.0 只支持单 GPU 计算。为了进一步提高其计算效率，我们计划扩展 GMD2.0，使其支持多 GPU 并行计算。具体方案包括：（1）设计并实现基于 MPI（Message Passing Interface）的多GPU 计算模块，实现多个 GPU 之间的数据通信和任务分配。（2）优化算法实现，提高多 GPU 并行计算效率。2. 基于 GPU 的 MD 约束算法约束算法是 MD 模拟中重要的一种技术，主要用于限制分子中某些原子的运动范围，减小计算复杂度。本讨论计划将现有的 MD 约束算法升级为基于 GPU 的算法，以提高计算效率。具体方案包括：（1）深化讨论现有的 MD 约束算法，结合 GPU 并行计算的特点，设计并实现基于 GPU 的约束算法，包括固定原子、限制原子、应力约束、拉格朗日约束等。（2）设计并实现针对约束算法的 GPU 并行计算模块，提高算法的计算效率。精品文档---下载后可任意编辑三、预期效果通过本讨论，预期能够实现以下效果：1. 提高 GMD2.0 的 MD 模拟计算效率。增加多 GPU 并行计算功能后，MD 模拟的计算效率将得到明显提升。2. 实现高效的 MD 约束算法。通过基于 GPU 的 MD 约束算法的实现，可以增强 GMD2.0 在分子动力学模拟中的应用能力。3. 丰富 GMD2.0 的功能。多 GPU 并行计算和基于 GPU 的 MD 约束算法的实现，将使 GMD2.0 的功能更加强大，能够满足更多的科学讨论需求。四、拟实行的讨论方法本讨论拟实行的讨论方法包括：1. 理论分析。对多 GPU 并行计算和基于 GPU 的 MD 约束算法进行深化的理论分析。2. 算法设计。设计符合多 GPU 并行计算...
