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R高级教程专题一表达谱芯片的聚类分析

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精品文档---下载后可任意编辑【在国际上,R 软件的应用是数据分析的主流进展趋势之一,但我发现在国内 R 软件的使用远不如SPSS、SAS 等软件那么流行。为推广 R 软件的使用,本博客将陆续推出“R 高级教程”系列专辑,希望对生命科学领域的科技工作者有少许帮助......】 通常来讲,对于一般的统计分析,基于傻瓜式操作的 SPSS(PASW)软件已经足够,但在涉及个性化要求很高的复杂数据处理时,SPSS 就开始显得力不从心,这时必须依赖功能更为强大的 SAS 等软件。以前在自己的科研过程中分析数据多用 SPSS、SAS 等。在统计遗传和基因组学领域,SAS 可以处理很多问题,但与此同时,SAS 实现复杂问题过于麻烦,很多问题 SAS 也不是首选。后来开始运用 R 环境中的各种免费统计包,特别是 Bioconductor 的系列分析包,我发觉非常适合生命科学领域的讨论者。R 有很多优点: (1)免费,不需要去寻找破解版,不用担心版权问题,使用非常方便; (2)功能非常强大,单个包的功能比较有限,但多个包组合起来使用则功能无比强大,远胜于SPSS、SAS 等; (3)源代码开放,稍作修改后就能满足个性化的复杂统计分析,满足个性化需求是 R 的最大特点之一; (4)程序阅读容易,再加上参考学习资料很多,上手比较容易,提高也不是很难,根据个人经验,要比 SAS 高级阶段的进阶容易许多; (5)国际同行高度认同 R,我发现很多专用软件都开发了软件的 R 版,今后 R 将是数据分析的主流进展方向。 R 软件的安装、基本使用等初级教程就不谈了,随便在官方网站找个学习资料就搞定了。“R系列”专辑拟推出中级、高级分析教程。今日推出基因表达谱芯片的聚类分析专题。 本专题示例芯片数据来自 GEO 数据库中检索号为 GSE11787 的 Affymetrix 芯片的 CEL 文件,共 6 个 CEL 文件,3 个正常对比组,3 个 HPS 刺激组,为免疫器官脾脏的表达数据。(一)原始数据的读入、RNA 降解评估和标准化> pd <- read.AnnotatedDataFrame("Target.txt",header=TRUE,row.names=1,as.is=TRUE)>rawAffyData <- ReadAffy(filenames=pData(pd)$FileName, phenoData=pd)> summary(exprs(rawAffyData))> deg <- AffyRNAdeg(rawAffyData)> plotAffyRNAdeg(deg, col=c(1,2,3,4,5,6))> eset <- rma(rawAffyData)> summary(exprs(eset))> op <- par(mfrow=c(1,2))>cols <- brewer.pal(6, "Set3")>boxplot(rawAffyDa...

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