【转载】分子进化树构建及数据分析的简介 分子进化树构建及数据分析的简介 mediocrebeing, rodger, lylover[1], klaus, oldfish, yzwpf [1] lylover
Email: lylover_2005@tom
com 一、引言 开始动笔写这篇短文之前，我问自己，为什么要写这样的文章
写这样的文章有实际的意义吗
我希望能够解决什么样的问题
带着这样的疑惑，我随手在丁香园（DXY）上以关键字“进化 分析 求助”进行了搜索，居然有289 篇相关的帖子（2006 年 9 月 12 日）
而以关键字“进化 分析”和“进化”为关键字搜索，分别找到 2,733 和 7,724 篇相关的帖子
考虑到有些帖子的内容与分子进化无关，这里我保守的估计，大约有3,000~4,000 篇帖子的内容，是关于分子进化的
粗略地归纳一下，我大致将提出的问题分为下述的几类： 1．涉及基本概念
例如，“分子进化与生物进化是不是一个概念”，“关于微卫星进化模型有没有什么新的进展”以及“关于 Kruglyak 的模型有没有改进的出现”，等等
2．关于构建进化树的方法的选择
例如，“用 boostrap NJ 得到 XX 图，请问该怎样理解
能否应用于文章
用 boostrap test 中的ME 法得到的是 XXX 树，请问与上个树比，哪个更好”，等等
3．关于软件的选择
例如，“想做一个进化树，不知道什么软件能更好的使用且可以说明问题，并且有没有说明如何做”，“拿到了 16sr RNA 数据，打算做一个系统进化树分析，可是原来没有做过这方面的工作啊，都要什么软件”，“请问各位高手用 clustalx 做出来的进化树与 phylip 做的有什么区别”，“请问有做过进化树分析的朋友，能不能提供一下，做树的时候参数的设置，以及代表的意思
还有各个分支等数值的意思，
