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聚类分析和NMDS分析的基本步骤

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聚类分析和 NMDS 分析的基本步骤-以 z q 夏季重量为例1.打开 primer,选择已经输入为“站位×种类渔获率”矩阵的 excel 文件(图 1)。在 excel file properties 对话框根据默认选项。Sample data properties 对话框也根据默认选项,Title 可以输入标志此表的名称。2.打开 excel 文件如图,注意行首名称为“samples”,列首为“variables”。Samples 即聚类分析中的样本,variables 即聚类分析中的指标。我们就是要把这么多种类的渔获率作为指标来分析站位间的相似性。3.生成相似性矩阵。选择 data>similarity,在 similarity 对话框含义如图。分析哪个序列的相似性计算多位空间距离的方法选中表示在分析前对数据进行标准化,建议选中对数据进行转变的方法,李圣法使用四次方根,但我不知道什么原因4.相似性矩阵如下:5.聚类分析:选择 analyse >cluster, cluster 对话框选择如图,聚类根据群组平均值结果:6.NMDS:回到相似性矩阵窗口,选择 analyse>MDS,全部根据默认值,ok 即可。结果如下可以调整字体等来显示结果的初步分析,从 cluster 图可以看出有四个,那么最后可以在站点图上把每一个类的站位都改成一样的,就看出在空间上的相似趋势来了。

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