NAMD入门教程一完整版

NAMD 入门教程(一)1. 分子动力学模拟概论 1.1 分子动力学模拟进展1.2 分子动力学模拟基本原理1.3 分子动力学模拟相关软件2. 分子动力学入门2.1 基本设置2.2 生成蛋白质结构文件（PSF）2.3 蛋白质溶质化2.4 球状水体中泛素（Ubiquitin）分子动力学模拟2.5 立方水体中泛素（Ubiquitin）分子预定目录动力学模拟2.6 简单结果分析3. 分析方法3.1 平衡态分子动力学模拟分析3.1.1 每个残基 RMSD 值3.1.2 麦克斯韦-波尔兹曼（Maxwell-Boltzmann ）能量分布3.1.3 能量分析3.1.4 温度分布3.1.5 比热分析3.2 非平衡态分子动力学模拟分析3.2.1 热扩散3.2.2 温度回音4 人工操纵分子动力学模拟（SMD）4.1 除去水分子4.2 恒速拉伸4.3 恒力拉伸4.4 结果分析1. 分子动力学模拟概论分子动力学模拟（Molecular Dynamics Simulation）是指利用计算机软件，依照牛顿力学基本原理，模拟大分子相互作用和运动改变讨论方法。生命科学讨论往往离不开各种仪器，试管和活有机体，经过试验伎俩硕士命现象背后规律。那么，为何我们要将生命大分子抽象成二进制数据，由计算机软件模拟其行为呢？首先，从理论基础上讲，我们能够使用计算机模拟生物大分子行为。生物体系非常复杂但生物大分子如蛋白质，脂肪，多糖等也是许多原子由化学键连接起来形成，全部原子运动规律都符合量子力学方程，在较大尺度上也近似符合牛顿力学方程，它行为是要受物理学基本规律支配。所以我们能够将利用纯数学伎俩近似模拟生物大分子行为.其次，从讨论需要上讲，我们不但希望从宏观上硕士命大分子溶液体系行为，还想直接讨论单个生物大分子在原子尺度上行为，而这是现在试验仪器难以达成。比如，我们希望直接讨论蛋白质从伸展肽链折叠成球形详细过程使用仪器伎俩只能搜集到间接数据，但使用软件模拟则能够形象直观模拟出整个折叠过程，能够详细求算每个键能、键角改变，讨论某几个氨基酸残基之间相互作用，以及对蛋白质折叠意义。总之，现在生物学讨论需要我们利用计算机模拟生物大分子行为，以填补试验伎俩限制，希望能自下而上地说明生物大分子结构和功效关系。最终，从实际意义上讲，分子动力学模拟能够用来指导试验，提供思绪和理论依据；分子动力学模拟所得结果正确性也需要回到试验验证。这么，我们能够将分子动力学模拟和试验讨论结合成一个整体，从而能够全方面地，深化地硕士命现象本质规律。1.1 分子动力学模拟进展*暂缺相关文件1.2 分子动力学模拟基本...