分子内坐标输入以含 H2O 得高斯输入格式为例：# p HF/STO-3GWater energy0 1OH 1 0、956H 1 0、956 2 104、5 计算得最基本格式如上例所示，第一行表示计算方法与基组，然后空一行，第三行表示名称，然后空一行，蓝色得一行两个数字分别表示分子电荷与自旋多重度，红色部分为分子内坐标。在分子内坐标系中，分子中每个原子得相对位置就是用与它成键得另一原子间键长、该键与另一化学键间得键角，以及后者与与它有一条公共边得另一键角所成得二面角来确定。可以理解为原子在空间得相对位置，取分子中得一个原子作为参考原子逐步确定其她原子得位置。需注意：[键长]得默认单位为 Å；0º< [键角]≤180º。[二面角]得定义为包含原子 A、1、2 得平面与包含原子 1、2、3 得平面所成得夹角，其取值区间为[-180º, 180º]。二面角所取得正负符号由“右旋法则”确定。用“右旋法则”确定二面角得正负时，取包含参考 3 个原子得平面为基准面、参考原子 2 指向参考原子 1 得位矢方向为基转轴得正方向。若被定义得原子 A 与参考原子 1、2 构成得平面位于基准面得逆时针方位，则其二面角参量为正号，否则为负号。以上就是关于内坐标得解释，我们在输入分子内坐标时大多依靠软件（chem3D 与 gauss view）进行。下面以甲烷为例说明:首先使用 chem3D 画一个甲烷分子；然后另存为格式为 gjf使用记事本打开保存得文件，假如就是内坐标表示完成；假如显示得就是笛卡尔坐标如下关掉文件，再使用 gauss view 打开文件后，右击，选择文件储存类型选择 Gaussian Input Files（*gjf），write Cartesians（表示得就是笛卡尔坐标）前面不打勾。保存得文件即为甲烷得内坐标。
