拓扑生成说明VIP免费

MnL4拓扑分析1.打开软件，找到CIF文件导入(database菜单下的import)：出现：单击打开，在出现的界面点击YES，出现的界面中将0改为1，OK后即导入结构：2.读取原子信息：即单击，在出现的界面中，选择OPTIONS,按下图设置参数：单击OK，并RUN。出现如下的原子信息结果：单击新窗口外的任意地方，回到主操作界面，以进行下一步操作：3.选择氢键模式：双击界面上的操作对象（即图中蓝色选择的分子式），在弹出的下图窗口中选择AdjacencyMatrix，出现键联信息。将所有羰基C原子和苯环C原子设为H键，将吡啶环与苯环间C原子设为H键，将联轮桨中间O-Mn键设为H键(若不想在拓扑中显示此链接，可以设为非键MN2-O16，MN6-O18)(右键单击相应原子，在弹出菜单中选择H-BOND，此例中即C1-C2,C8-C4，C16-C21，C18-C20，C6-C9，C13-C14，C22-23，C25-30，C27-29)。将甲酸根与Mn的键设为非键(MN3-O13，MN7-O14)；将MN7-Cl1设为非键。设置结果如下：单击save保存。(有时候会出现一些不正常即原来没有的键，可以将它们设为非键)4.计算拓扑。单击，单击option，选项卡勾选如下，common中增选一下，并单击Yes；Topology中的Hbond从None改选为Mol，单击OK单击Run，单击Yes，输入1，右击选择selectall，单击WholeMolecule。再在主程序的单击菜单栏中的Compound下的AutoDetermine中的SimplifyAdjacencyMatrix，不用改动，单击OK，新拓扑已经生成。5.查看新拓扑,单击主菜单的，弹出拓扑绘图窗口，再次单击新窗口的，即可看到拓扑图：双击分子式{可以对其进行操作：为选择原子；为转动图片；为平面转动；按住鼠标左键推拉可以放大缩小图片；为平移；（可以设置原子颜色：用单击某个原子，出现如下对话框,在选择Cryst.Sort时，单击ChangeColor可以对一类原子变色；）;单击可以延伸结构图}7.生成新拓扑报告。单击，单击option，如下选项卡(注意有变化)单击Run，单击Yes，片刻后，出现下图，右击selectall，单击OK(若没有出现拓扑信息，可以重复操作一次，就可以了)完成后出现：8、保存数据：单击当前窗口的Data下的savedata即可将拓扑信息保存为2_c.ado，可以用TXT文本格式打开，文件的最前部分为拓扑中各键的键长信息；。单击主程序菜单栏的Database下的export可以将数据保存为CIF格式，可以导入diamond作图。双击下图的分子式，弹出下面对话框，单击Comment,可以查看简化原子是由实际结构中的哪些部分组成：